Zum Rallye-Sport kam van Merksteijn 1985. Dort nahm er bis 1996 an verschiedenen Veranstaltungen der niederländischen Rallye-Meisterschaft und europaweit an mehreren Rallyes teil. 1996 gab er den Rallye-Sport vorübergehend auf und wechselte zu Rundstreckenrennen. Als sein Sohn Peter van Merksteijn jr.2007 begann, an einzelnen Läufen der Rallye-Weltmeisterschaft teilzunehmen, wechselte er in den Rallye-Sport zurück und nahm an denselben Veranstaltungen wie sein Sohn teil. Sein bisher größter Erfolg bei der Rallye-Weltmeisterschaft war der zwanzigste Gesamtrang bei der Rallye Norwegen2009.[1]
2009 startete er im X-Raid Team mit einem BMW X3 CC bei der Rallye Dakar. Dort schied er auf zwölfter Position liegend allerdings auf der fünften Etappe aus, weil sein Fahrzeug Feuer fing.[2]
Le Mans
2008 startete er zur Vorbereitung auf das 24-Stunden-Rennen von Le Mans bei vier von fünf Läufen dieser Meisterschaft. Dafür gründete Van Merksteijn Motorsport eigens ein LMP2-Team und startete mit einem Porsche RS Spyder, mit dem er die Teammeisterschaft gewann. Drei Läufe gewann er gemeinsam mit seinem Teamkollegen Jos Verstappen und einmal belegte er den zweiten Rang. Bei dem 1000-km-Rennen auf dem Nürburgring entschied sich Merksteijn für den Start in der gleichzeitig stattfinden Rallye Deutschland der Rallye-Weltmeisterschaft und wurde von Jeroen Bleekemolen ersetzt. Sein Team beendete diesen Lauf ebenfalls als Klassensieger. Daher belegte er hinter seinem Teamkollegen Verstappen den zweiten Platz der Fahrermeisterschaft der LMP2.[3]
Im gleichen Jahr gewann Peter van Merksteijn mit Bleekemolen und Verstappen die LMP2-Wertung des 24-Stunden-Rennens von Le Mans mit zwei Runden Vorsprung auf das Essex-Team, das ebenfalls mit einem Porsche RS Spyder startete.[4]