Peter van Merksteijn jr. begann seine Rallyekarriere 2006 mit einem Renault Mégane bei nationalen Bewerben. Im darauf folgenden Jahr startete er mit der Unterstützung des Teams seines Vaters Peter van Merksteijn sr., der ebenfalls Rennfahrer ist und die LMP2-Klasse beim 24-Stunden-Rennen von Le Mans 2008 gewann, mit einem Mitsubishi Lancer Evo IX in der niederländischen Rallyemeisterschaft. Er gewann in diesem Jahr die Meisterschaft der Gruppe N.[1]
Im gleichen Jahr startete er mit demselben Fahrzeug auch das erste Mal bei einem Lauf der Rallye-Weltmeisterschaft in Deutschland, wo er den 70. Gesamtrang belegte.[2]
Am 19. September 2011 gewann er die, zur niederländischen Rallyemeisterschaft gehörende, Hellendoorn Rally. Da bei dieser Serie World Rally Cars der älteren Spezifikation noch zugelassen sind, startete Van Merksteijn dort in einem Citroën C4 WRC unter anderem gegen Ford Focus WRC, Subaru Impreza WRCs, Mitsubishi Lancer WRC.