Šafárik, der Sohn eines lutherischen Pfarrers, war von 1819 bis 1833 Lehrer und später Direktor des serbischen Gymnasium in Novi Sad, danach Journalist, von 1837 bis 1847 Zensor und ab 1841 Kustos der Prager Universitätsbibliothek. 1848 wurde er auf den Lehrstuhl für Vergleichende Slawische Philologie an der Universität Prag als außerordentlicher Professor berufen, verzichtete aber zugunsten von František Ladislav Čelakovský auf dieses Amt.
Obwohl er sich selbst als Slowaken bezeichnete, schrieb Šafárik fast ausschließlich tschechisch und deutsch und nahm eine kritische Position zu der von Ľudovít Štúr vorgeschlagenen slowakischen Schriftsprache ein.
Er war Vater des Chemikers Vojtěch Šafařík, des Mediziners Jaroslav Šafařík (1833–1862), des Soldaten und Buchhändlers Vladislav Šafařík (1840–1901) und von Božena Šafaříková (1831–1895), die den Literaturhistoriker, Sprachforscher und Politiker Josef Jireček heiratete und mit diesem den Sohn Konstantin Jireček, Begründer der böhmischen Balkanologie und Byzantinistik, hatte.
Tatranská múza s lyrou slovanskou (Levoča, 1814) [wörtlich:Die Tatra-Muse mit einer slawischen Lyra]
Wissenschaftliche Werke
Počátkové českého básnictví, obzvláště prozodie (1818, Pressburg), mit František Palacký [wörtlich:Grundlagen der böhmischen Dichtung, insbesondere der Prosodie]
Novi Graeci non uniti ritus gymnasii neoplate auspicia feliciter capta. Adnexa est oratio Pauli Josephi Schaffarik (1819, Novi Sad)
Die Liedersammlung Písně světské lidu slovenského v Uhřích. Sebrané a vydané od P. J. Šafárika, Jána Blahoslava a jiných. 1-2 (1823–27, Prag) / "Národnie zpiewanky - Pisne swetské Slowáků v Uhrách" (1834–1835, Buda), mit Ján Kollár [wörtlich: Weltliche Lieder des slowakischen Volkes im (Königreich) Ungarn. Gesammelt und herausgegeben von P. J. Šafárik, Ján Blahoslav und anderen. 1-2 / Volksgesänge - Weltliche Lieder der Slowaken im (Königreich) Ungarn]
Geschichte der slawischen Sprache und Literatur nach allen Mundarten (1826, Pest),
Über die Abkunft der Slawen nach Lorenz Surowiecki (1828, Buda)
Serbische Lesekörner oder historisch-kritische Beleuchtung der serbischen Mundart (1833, Pest)
Slovanské starožitnosti (1837, Prag), sein Hauptwerk, dt. Fassung Slawische Alterthümer (2 Bände, Leipzig 1844), das erste umfassende Werk über die Kultur und Geschichte der Slawen.
Pavel Jozef Šafárik: Geschichte der slawischen Sprache und Literatur nach allen Mundarten. Ofen, 1826 (eingeschränkte Vorschau in der Google-Buchsuche).
↑Holger Krahnke: Die Mitglieder der Akademie der Wissenschaften zu Göttingen 1751–2001 (= Abhandlungen der Akademie der Wissenschaften zu Göttingen, Philologisch-Historische Klasse. Folge 3, Bd. 246 = Abhandlungen der Akademie der Wissenschaften in Göttingen, Mathematisch-Physikalische Klasse. Folge 3, Bd. 50). Vandenhoeck & Ruprecht, Göttingen 2001, ISBN 3-525-82516-1, S. 210.