Ab 1854 war Sendtner außerordentlicher Professor, beim Amtsantritt Carl Wilhelm von Nägelis im Jahr 1857, der die Direktion des Gartens übernahm, wurde ein zweiter Lehrstuhl neu geschaffen, auf den Sendtner berufen wurde. Gleichzeitig wurde er auch 1. Konservator des Herbars der Universität München.
Sendtner war um die Klärung wichtiger biogeographischer Grundbegriffe bemüht, so z. B. um die Begriffe Standort, Region und Zone. Er charakterisierte die Vegetationsstufen aufgrund der vertikalen Verbreitung diagnostisch wichtiger Pflanzenarten.
„Die Pflanzen treten also selbst in die Reihe der die Standörtlichkeit zusammensetzenden und die Vegetationsform bedingenden Faktoren ein, und zwar ihre Körper sowohl als lebende wie als tote. Ihr Eintreten modifiziert die ursprünglich vorhandenen Bedingungen. Der Schatten und die Verwesungsprodukte greifen ein in Klima, Feuchtigkeit, Beschaffenheit der Nahrungsmittel und des Bodens.“[6]
Otto Sendtner ist der Autor der Erstbeschreibungen von weit über 200 Taxa, darunter etwa 150 Solanum-Taxa. Hinzu kommen noch zusammen mit anderen Botanikern vorgenommene Erstbeschreibungen, beispielsweise des Bunt-SchwingelsFestuca bosniacaKummer & Sendtner 1849 gemeinsam mit Ferdinand Kummer.
Nach Otto Sendtner wurden die Moosgattung SendtneraEndl.[9] und die Zeitschrift Sendtnera[10] benannt.
Schriften (Auswahl)
mit Ferdinand Kummer: Enumeratio plantarum in itinere Sendtneriano in Bosnia lectarum, cum definitionibus novarum specierum et adumbrationibus obscurarum varietatumque. In: Flora, XXXII, Regensburg 1849, S. 1–10 (sectio prima) (Digitalisat) und 753–766 (sectio secunda) (Digitalisat)
Die Vegetations-Verhältnisse Südbayerns nach den Grundsätzen der Pflanzengeographie und mit Bezugnahme auf Landescultur. Literarisch-artistische Anstalt, München 1854 (941 S., Digitalisat)
Die Vegetations-Verhältnisse des Bayerischen Waldes nach den Grundsätzen der Pflanzengeographie (...). Nach dem Manuscripte des Verfassers vollendet von W. Gümbel und L. Radlkofer. Literarisch-artistische Anstalt, München 1860 (505 S., Digitalisat)
↑Ernst Zettler, Heinz Groth: Alpenvereinsführer – Allgäuer Alpen. 12., völlig neu bearbeitete Auflage. Bergverlag Rudolf Rother, München 1985, ISBN 3-7633-1111-4 (S. 204).
↑Max Joseph Hufnagel: Berühmte Tote im Südlichen Friedhof zu München. 4. Auflage. Zeke Verlag, Würzburg 1983, ISBN 3-924078-00-9, S.86–87 Nr. 99 (Grabstelle 1-6-5).