Otto Mejer war ab 1842 Privatdozent für Staats- und Kirchenrecht an der Georg-August-Universität Göttingen. Auf seiner großen wissenschaftlichen Reise nach Rom und zurück durch Belgien 1845/46 sammelte er das Material für seine späteren kirchengeschichtlichen Werke. 1847 wurde er in Göttingen zum außerordentlichen Professor ernannt. Noch im gleichen Jahr nahm er einen Ruf an die Universität Königsberg auf den Lehrstuhl für Kirchenrecht an. 1850 folgte er einem Ruf an die Universität Greifswald und 1851 an die Universität Rostock. Von 1874 bis zu seiner Emeritierung 1885 war er Hochschullehrer für Kirchenrecht in Göttingen und nahm in dieser Zeit auch Aufgaben der akademischen Selbstverwaltung als Prorektor wahr. Von 1885 bis 1893 war Otto Mejer Präsident des Landeskonsistoriums der Hannoverschen Landeskirche.
Werke
Die Propaganda, ihre Provinzen und ihr Recht. 2 Bände, Göttingen: Dieterich 1852/53
Heinz Motel: Berühmte Persönlichkeiten und ihre Verbindung zu Göttingen. Göttingen 1993, S. 75 ff.
Martin Otto: Otto Georg Alexander Mejer (1818–1893). In: Philipp Thull (Hrsg.): 60 Porträts aus dem Kirchenrecht. Leben und Werk bedeutender Kanonisten. EOS-Verlag, St. Ottilien 2017, ISBN 978-3-8306-7824-3, S. 273–285.