1276 wurde Nidern Niuvron erstmals urkundlich erwähnt. Die niedere Gerichtsbarkeit von Niederneunforn und einem Fünftel von Wilen bei Neunforn war bis 1501 im Besitz des Klosters Ittingen, dann wurde sie von den Hünegg, bald von den Leuenberg erworben. Eine Offnung wurde 1501 niedergeschrieben. Bis 1798 – ausser von 1680 bis 1688 – stand Niederneunforn unter denselben Gerichtsherren wie Oberneunforn, behielt aber seine eigenen Richter.
Niederneunforn war stets Teil der Kirchgemeinde Neunforn.
Acker-, Obst- und besonders Rebbau sowie Viehwirtschaft prägten Niederneunforn.
Wappen
Blasonierung: In Weiss eine blaue Traube mit schwarzem Stiel und Laub.[4]
1958 stimmte die Gemeindeversammlung dem Wappenvorschlag der Thurgauischen Gemeindewappenkommission zu.[4]
Von den insgesamt 425 Einwohnern der Ortschaft Niederneunforn im Jahr 2018 waren 29 bzw. 6,8 % ausländische Staatsbürger. 238 (56,0 %) waren evangelisch-reformiert und 61 (14,4 %) römisch-katholisch.[2]