San Felipe del Progreso liegt im Nordwesten des Bundesstaates México, etwa 60 km nordwestlich von Toluca de Lerdo, auf einer Höhe von bis zu 3300 m. Die Fläche des Municipios wird überwiegend landwirtschaftlich genutzt. Die größte Wasserfläche im Municipio bildet der Stausee von Tepetitlán.
Im Municipio liegen 104 Ortschaften, von denen zwei über 5.000 Einwohner, 23 weitere über 1.500 und weitere 38 über 500 Einwohner haben. Die größten Orte sind:
