Das Gemeindegebiet umfasst ehemals vom Texcoco-See bedecktes Land, welches als Entwicklungsgebiet in der ersten Hälfte des 20. Jahrhunderts besiedelt wurde. Die Gründung des Municipios erfolgte 1963.
Mehr als 80 % der Gemeindefläche, vor allem der Süden und Nordwesten, sind vollständig urbanisiert, etwa 8 % sind Weideland. Als natürlicher Bodentyp dominiert der Solonchak. Die bedeutendste Wasserfläche ist die Laguna Churubusco.
Orte
Gut 99 % der Bevölkerung des Municipios leben in dessen Hauptort Ciudad Nezahualcóyotl, der vom INEGI als einzige urbane Ansiedlung des Municipios klassifiziert ist. Insgesamt umfasst das Municipio Nezahualcóyotl 7 localidades:
