Morelos liegt im zentralen Nordwesten des Bundesstaates México auf einer Höhe von etwa 2700 m bis 3360 m. Das Municipio besteht aus zwei nicht miteinander verbundenen Teilen, einerseits einem größeren, nördlichen Teil um den Hauptort und andererseits einem Teil um den Ort San Lorenzo Malacota weiter südlich. Im Municipio dominieren landwirtschaftlich genutzte Flächen, gut ein Viertel des Municipios ist bewaldet.
