Kinji Fukasaku arbeitete ab 1953 als Regieassistent für das Studio Toei, das größtenteils Samurai-Filme und Kostümdramen produzierte. 1961 veröffentlichte er seine erste eigene Regiearbeit. Seine ersten Filme waren traditionelle Gangsterfilme über die Yakuza. Stark vom Italienischen Neorealismus beeinflusst, entfernte er sich ab 1971 mit der fünfteiligen, im Nachkriegs-Hiroshima spielenden Filmreihe Jingi naki tatakai von den Klischees des Gangsterfilms und hatte damit seinen Durchbruch in Japan. Neben zahlreichen weiteren Yakuza-Filmen schuf er in den 70er- und 80er-Jahren auch einige Science-Fiction- und Samurai-Filme.
1970 führte er Regie bei der US-amerikanischen Produktion Tora! Tora! Tora! über den Angriff auf Pearl Harbor im Zweiten Weltkrieg und ersetzte damit Akira Kurosawa, der ursprünglich dafür vorgesehen war. International bekannt machte ihn aber erst Battle Royale aus dem Jahr 2000. Das gesellschaftskritische und umstrittene Drama erzählt von einer Gruppe von japanischen Jugendlichen, die an einem brutalen Spiel teilnehmen. Beim Dreh zur Fortsetzung des Films starb Fukasaku im Alter von 72 Jahren an Hodenkrebs. Battle Royale II: Requiem wurde von seinem Sohn, Kenta, fortgeführt.