Er wurde in St. Chrischona ausgebildet. Ursprünglich Mitglied der Basler Mission, reiste er 1855 nach Äthiopien und begleitete den Missionar Johann Ludwig Krapf. Von 1861 bis 1915 arbeitete er im Dienst der London Society for the Promotion of Christianity unter den Falaschas. Mit anderen Missionaren gründete er 1856 eine Schule in Avora bei Gondar und 1861 eine Missionsstation in Kohula bei Jénda nördlich des Tanasees. Er heiratete 1858 in Jerusalem die frühere Kaiserswerther Diakonisse Pauline Keller (1826–1909), die 1851 in die Heilige Stadt gekommen war, wo sie als Lehrerin der Diakonissenschule Talitha Kumi unterrichte. Flad, der zwischenzeitlich auf Veranlassung des Kaiser Téwodros inhaftiert war, verließ Äthiopien im Jahr 1868. Er war weiter in der dortigen Missionierung tätig, indem er Bibeln nach Abessinien sendete und die Missionierung der Falaschen innerhalb der London Society for Promoting Christianity leitete.[1]
Friedrich Flad: Der Gefangene von Magdala. Johann Martin Flads Leben und Arbeit für Abessinien. Stuttgart 1935, OCLC883176650.
Rolf Scheffbuch: Ein Leben für Äthiopien in: Menschen, die Ungewohntes wagten : aus der geistlichen Geschichte Korntals / Rolf Scheffbuch; herausgegeben von Andy Messner (2019), Seite 180–199
Wilfred Heintze-Flad: Flad, Johannes Martin, in: Encyclopaedia Aethiopica, Band 2, 2005, S. 552f.