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Joe Thomas wurde in Georgia geboren und wuchs in der Kleinstadt Opelika in Alabama auf. Er stammt aus einer Predigerfamilie und beteiligte sich an der Kirchenmusik als Chorsänger, Solist und auch als Chorleiter. Neben Gospel interessierte er sich aber auch für Soul und R&B. Nach der High School übernahm er Gelegenheitsjobs und trat nebenher auf. Um seine Musikkarriere voranzubringen, ging er nach New Jersey, wo er in einem Plattenladen arbeitete und wieder in der Kirche sang. Er lernte den Produzenten Vincent Herbert kennen und bewarb sich mit einem Demotape um einen Plattenvertrag. Er unterschrieb bei Polygram und veröffentlichte 1993 sein Debütalbum Everything. Es kam zwar auf Anhieb in die US-Albumcharts, verpasste aber die Top 100. Erfolgreicher war er in Großbritannien, wo er drei Singles in die Charts brachte, sein erster Hit I’m in Luv kam auf Platz 22.
In den folgenden Jahren wechselte er zu Jive Records und beteiligte sich an Soundtrack-Aufnahmen. Sein erster großer Erfolg war All the Things (Your Man Won’t Do) aus dem Film Hip Hop Hood, das sich eine halbe Million Mal verkaufte und 1996 die Top 10 knapp verpasste. Die nächste Gold-Single Don’t Wanna Be a Player, ebenfalls ein Filmsong (Booty Call), folgte im Sommer des Folgejahres und kündigte sein zweites Album All That I Am im Herbst an. Es erreichte Platz 13 und verkaufte sich über eine Million Mal.
Danach begann Joe auch für andere und mit anderen Musikern zu arbeiten. Er schrieb und produzierte für Newcomer, machte einen Remix für Tina Turner und Barry White von In Your Wildest Dreams und machte Aufnahmen mit Case und Mariah Carey. Mit ersterem hatte er den Top-10-Hit Faded Pictures, Thank God I Found You von Mariah wurde Anfang 2000 ein Nummer-eins-Hit in den USA. Dies wirkte auch positiv auf sein nächstes eigenes Album My Name Is Joe, das kurz darauf erschien. Es erreichte Platz 1 der R&B-Charts und verpasste knapp die Spitze der offiziellen Charts, mit mehr als 3 Millionen Verkäufen war es sein mit Abstand erfolgreichstes Album. Dazu trug auch der Song Stutter bei, der ihn zum zweiten Mal auf Platz 1 der Singlecharts brachte und seine dritte Goldsingle wurde. Es war auch sein international erfolgreichstes Lied und kam unter anderem in England in die Top 10 und in der Schweiz und Deutschland in die Top 20. Das Album und drei Songs, darunter allerdings nicht Stutter, brachten ihm außerdem vier Nominierungen bei den Grammy Awards 2000.[1]
Damit hatte sich Joe als beliebter R&B-Interpreten etabliert. Die beiden folgenden Alben Better Days und And Then … landeten zwar nicht ganz vorne in den Charts, bekamen aber beide eine Goldauszeichnung und brachten noch einige Singlehits. Für Better Days bekam er auch noch drei weitere Grammy-Nominierungen.[1] Beginnend mit Ain’t Nothin’ Like Me im Jahr 2007, seinem zweiten Nummer-eins-R&B-Album, folgte bis 2013 eine Serie von fünf Top-10-Alben. Gleichzeitig ließ aber der Erfolg in den Singlecharts nach und If I Was Your Man war 2007 mit Platz 84 sein letzter Singlehit in den US-Hot-100. Umgekehrt verhielt es sich in Großbritannien, wo die Alben nicht mehr in die Charts kamen, sich bis 2011 aber noch zahlreiche Songs platzieren konnten. 2014 und 2016 veröffentlichte er die Alben Bridges und My Name Is Joe Thomas, die auch nach einer mehr als 20-jährigen Karriere noch ein großes Publikum fanden und Top-20-Platzierungen erreichten.