Noch vor dem Tod seiner ersten Frau Katharina im Jahr 1806 verließ er mit seiner Tochter Rosalia Wien und wurde Domkapellmeister des Bischofs von Bosnien in Diakowar in Slawonien. Am 7. Jänner 1807 heiratete er in Diakowar die Sängerin und Schwägerin Mozarts Sophie Weber, die er vermutlich in Wien kennengelernt hatte.
Seinen größten Erfolg als Komponist hatte Haibel 1796 mit der komischen Oper Der Tyroler Wastel nach einem Libretto Schikaneders, die im Freihaustheater 118 Mal aufgeführt wurde und deren Duett Tiroler sind oftn so lustig und froh sehr populär wurde. Das Menuett à la Viganò aus seinem Ballett Le nozze disturbate diente Ludwig van Beethoven als Grundlage für seine Zwölf Variationen (WoO 68). Als Domkapellmeister in Diakowar komponierte er mindestens sechzehn Messen.
Werke
Le nozze disturbate oder die unterbrochene Hochzeit, Ballett, 1795
Der Einzug in das Feindesquartier, Singspiel, um 1795
Der Tyroler Wastel, komische Oper, 1796
Östreichs treue Brüder, oder Die Scharfschützen in Tirol, oder Der Landsturm (Fortsetzung des Tiroler Wastels), Singspiel, 1797
Das medizinische Kollegium, komische Oper, 1797
Astaroth, der Verführer, Oper, um 1798
Papagei und Gans oder die cisalpinischen Perrücken, Singspiel, 1799
Alle neun und ins Zentrum, Operette, 1803
Der kleine Cesar oder Die Familie auf dem Gebirge, Schauspiel mit Gesang, 1804
Das Scheibenschießen oder Die ausgespielten Bräute, Singspiel, 1804
Der Hungerthurm oder Edelsinn und Barbarey der Vorzeit, Schauspiel mit Gesang, 1805
Die Entstehung des Arlequins und der Arlequinette, Pantomime, 1805
Michael Lorenz: Neue Forschungsergebnisse zum Theater auf der Wieden und Emanuel Schikaneder. In: Wiener Geschichtsblätter, 4/2008, S. 15 ff. (PDF; 301 kB)
