Nach einem Kunststudium arbeitete Honda seit 1933 beim Studio P.C.L., der späteren Tōhō, als Regieassistent und Dokumentarfilmer. Seine Karriere wurde immer wieder durch längere Militärdienstzeiten unterbrochen, ein Jahr war Honda in chinesischer Kriegsgefangenschaft. Nach dem Krieg kehrte er zur Toho zurück und assistierte unter anderem Akira Kurosawa bei seinem 1949 gedrehten Ein herrenloser Hund. Mit Kurosawa verband Honda eine lebenslange Freundschaft.
1951 drehte Honda seinen ersten Spielfilm. Bei den KriegsfilmenTaiheiyō no Washi (1953) und Saraba Rabauru (1954) arbeitet er erstmals mit dem Trickspezialisten Tsuburaya Eiji zusammen, mit dem er später eine Unzahl von Monster- und Science-Fiction-Filmen realisierte. Der 1954 erschienene Godzilla wurde zu einem weltweiten Erfolg und einem Klassiker. Gemeinsam mit dem 1956 von ihm gedrehten Farbfilm Die fliegenden Monster von Osaka mit dem Monster Rodan markiert Godzilla den Beginn des japanischen Monsterfilms, der bis in die 1970er große Erfolge feierte. In den 1970ern zog sich Honda aus dem Filmgeschäft zurück.
Seit 1980 arbeitete er nochmals mit Kurosawa zusammen und wirkte an allen Filmen Kurosawas als Berater, Regieassistent oder Drehbuchschreiber mit. In Akira Kurosawas Träume inszenierte er sogar einzelne Episoden eigenverantwortlich.
Filmografie (Auswahl)
1950: The Flower That Blooms In The Sand (砂に咲く花, Suna ni Saku Hana)
1951: The Blue Pearl (青い真珠, Aoi Shinju)
1952: The Skin of the South (南国の肌, Nangoku no Hada)
1952: The Man Who Went To Port (港へ来た男, Minato e Kita Otoko)
1953: Adolescence Part II (続思春期. Zoku Shishunki)
1953: Eagle of the Pacific (太平洋の鷲, Taiheiyō no Washi)
