Die Spielzeit wurde analog ihrer Vorgänger in fünf Staffeln ausgetragen. Mit einer erneuten Ligareform wurden mit Beginn der Saison 1963/64 die beiden Staffeln der DDR-Liga von 14 auf 16 Mannschaften aufgestockt und die II. DDR-Liga aufgelöst. Die 15 Bezirksligen rückten wieder als dritthöchste Spielklasse auf. Aufsteiger zur DDR-Liga waren Dynamo Schwerin, Motor Köpenick, Stahl Lippendorf, Motor Dessau, Stahl Riesa sowie Stahl Eisleben. Aus den Bezirksligen rückten Motor Wolgast sowie für den SC Aktivist Brieske-Senftenberg der neu gegründete SC Cottbus nach. Die restlichen 64 Mannschaften der II. DDR-Liga wurden in die Bezirksligen eingruppiert.
Staffel 1
Die Staffel 1 (Bez. Rostock, Schwerin, Neubrandenburg, Frankfurt) wurde an 26 Spieltagen ausgetragen. Staffelsieger und Aufsteiger zur DDR-Liga wurde Dynamo Schwerin.
Die Kreuztabelle stellt die Ergebnisse aller Spiele dieser Saison dar. Die Heimmannschaft ist in der linken Spalte aufgelistet und die Gastmannschaft in der obersten Reihe.
↑ BSG Lokomotive Wittenberge – ASG Vorwärts Perleberg 3:3 (13.Spieltag); Wertung: 2:0 Punkte und 0:0 Tore für Wittenberge.
↑ BSG Motor Rathenow – ASG Vorwärts Rostock (26.Spieltag) ausgefallen; Wertung: 2:0 Punkte und 0:0 Tore für Rathenow.
↑ ASG Vorwärts Eggesin-Karpin – BSG Motor WW Warnemünde 2:0 (3.Spieltag); Wertung: 2:0 Punkte und 0:0 Tore für Warnemünde.
Staffel 2
Die Staffel 2 (Bez. Berlin, Potsdam, Frankfurt, Cottbus) wurde an 26 Spieltagen ausgetragen. Staffelsieger und Aufsteiger zur DDR-Liga wurde Motor Köpenick.
Die Kreuztabelle stellt die Ergebnisse aller Spiele dieser Saison dar. Die Heimmannschaft ist in der linken Spalte aufgelistet und die Gastmannschaft in der obersten Reihe.
Die Staffel 3 (Bez. Halle, Magdeburg, Leipzig) wurde an 26 Spieltagen ausgetragen. Staffelsieger und Aufsteiger zur DDR-Liga wurden Stahl Lippendorf und Motor Dessau.
Die Kreuztabelle stellt die Ergebnisse aller Spiele dieser Saison dar. Die Heimmannschaft ist in der linken Spalte aufgelistet und die Gastmannschaft in der obersten Reihe.
Die Staffel 4 (Bez. Dresden, Leipzig, Karl-Marx-Stadt) wurde an 26 Spieltagen ausgetragen. Staffelsieger und Aufsteiger zur DDR-Liga wurde Stahl Riesa.
Die Kreuztabelle stellt die Ergebnisse aller Spiele dieser Saison dar. Die Heimmannschaft ist in der linken Spalte aufgelistet und die Gastmannschaft in der obersten Reihe.
Die Staffel 5 (Bez. Erfurt, Gera, Suhl, Halle) wurde an 26 Spieltagen ausgetragen. Staffelsieger und Aufsteiger zur DDR-Liga wurde die BSG Stahl Eisleben.
Die Kreuztabelle stellt die Ergebnisse aller Spiele dieser Saison dar. Die Heimmannschaft ist in der linken Spalte aufgelistet und die Gastmannschaft in der obersten Reihe.
Klaus Querengässer: Fußball in der DDR 1945–1989. Teil 1: Die Liga (= AGON Sportverlag statistics. Bd. 12). AGON Sportverlag, Kassel 1994, ISBN 3-928562-45-2, S. 194–195.
Alexander Mastrogiannopoulos: East Germany 1962/63. DDR-Liga II 1962/1963 [Third Level]. Rec.Sport.Soccer Statistics Foundation, 16. Oktober 2005, abgerufen am 17. Januar 2012 (englisch).
2.DDR-Liga 1962/63. Das Deutsche Fußball-Archiv, abgerufen am 17. Januar 2012 (deutsch).