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Higashi-Ômi entstand am 11. Februar 2005 aus dem Zusammenschluss der Stadt Yōkaichi (八日市市, -shi) und den ChōEigenji (永源寺町, -chō), Gokashō (五個荘町, -chō) im Kanzaki-gun (神崎郡), Aitō (愛東町, -chō) und Kotō (湖東町, -chō) im Echi-gun (愛知郡). Am 1. Januar 2006 wurden Notogawa (能登川町, -chō) im Kanzaki-gun (神崎郡) und Gamō (蒲生町, -chō) im Gamō-gun (蒲生郡) eingemeindet. Der Kanzaki-gun wurde daraufhin aufgelöst.