Pekar stammte aus einer polnisch-jüdischen Familie, seine Eltern waren aus Białystok in die Vereinigten Staaten ausgewandert und sprachen zuhause Jiddisch. Nach einem Militärdienst bei der US-Marine, arbeitete Pekar 35 Jahre lang als Archivar in einem Krankenhaus. Ende der 1950er Jahre schrieb er als Jazzkritiker für Magazine wie Down Beat, Jazz Review und verschiedene britische Zeitschriften. In den 1960er Jahren lernte er den Künstler Robert Crumb kennen und entwickelte die Idee, eine Comicserie über seinen eigenen, wenig glamourösen Alltag zu schreiben. Er nannte sie American Splendor.
Pekar zeichnete nicht selbst, sondern konnte unter anderem seinen Freund Crumb sowie andere Zeichner dazu gewinnen.[2]American Splendor gewann einen stabilen Kreis an Fans und in den späten 1980er Jahren brachte es Pekar zu acht Auftritten in David Lettermans Show.
Das Leben und das Werk von Pekar wurden von Shari S. Berman und Robert Pulcini 2003 unter dem Titel American Splendor verfilmt.
Pekar war mit der Autorin Joyce Brabner (1. März 1952 bis 1. August 2024) verheiratet. Gemeinsam mit ihr schrieb er Our Cancer Year, ein autobiografisches Buch über seinen Kampf gegen den Krebs.[3]
