Viel beachtet wurde seine ursprünglich in zwei Bänden 1993 erschienene „Geschichte des armenischen Volkes“ (A History of the Armenian People) von der Antike bis Anfang der 1990er Jahre, die dreimal aufgelegt wurde. Auf Grund des Erfolgs erschien eine überarbeitete und erweiterte Ausgabe in einem Band mit dem Titel A Concise History of the Armenian People. 2011 erschien diese unter dem Titel Ermeni Tarihi – Ermeni Halkının Tarihine Kısa Bir Bakış auf Türkisch;[7] darüber hinaus kamen Übersetzungen ins Armenische (2012), Spanische, Russische, Arabische und Japanische heraus. 2019 wurde in Teheran eine persische Übersetzung veröffentlicht (Tarikh-e mokhtasar-e Maredom-e Armani).[4]
Bournoutian griff durch eine Veröffentlichung auch entscheidend in die akademische Debatte um die ethnographische Geschichte Bergkarabachs ein. 2011 gab er eine historische russische demographische und ökonomische Studie über die Provinz Karabach aus dem Jahre 1823 heraus, in der dokumentiert wurde, dass etwa 95 % der Bevölkerung von Bergkarabach und ebenso auch der Dörfer in Sangesur (heute Sjunik) Armenier waren.[7]
The Khanate of Erevan under Qajar Rule, 1795–1828. Persian Studies Series, number 13, Bibliotheca Persica, Iran Center, Columbia University, New York 1992.
A History of the Armenian People, Bände 1 und 2. Mazda Publishers, Costa Mesa 1993, ISBN 978-1-56859-032-5
Eastern Armenia in the Last Decades of Persian Rule, 1807–1827. Studies in Near Eastern Culture and Society, Nr. 5, Von Grunebaum Center, UCLA, Undena, Malibu 1982
A History of Qarabagh. Mazda Academic Press, California, 1994
Russia and the Armenians of Transcaucasia: A Documentary Record, 1797–1889. Mazda Publishers, Costa Mesa 1998
Two Chronicles on the History of Karabagh. Mazda Publishers, Santa Ana 2004
A Concise History of the Armenian People (5th revised edition), Mazda Publishers, Santa Ana 2006
Tigranes II and Rome: A New Interpretation Based on Primary Sources. Mazda Publishers, Santa Ana 2007
From Tabriz to St. Petersburg: Iran's Mission of Apology to Russia in 1829. Mazda Publishers, 2014, ISBN 978-1-56859-328-9
Armenia and Imperial Decline: The Yerevan Province, 1900–1914. Routledge, Abingdon-on-Thames / New York 2018, ISBN 978-0-367-59067-3
From the Kur to the Aras: A Military History of Russia’s Move into the South Caucasus and the First Russo-Iranian War, 1801-1813. Brill, Leiden/Boston 2020, ISBN 978-90-04-44515-4
A Concise History of the Armenian People (7. Auflage). Mazda Publishers, Santa Ana 2018, ISBN 978-1-56859-141-4
Herausgeberschaften
Abraham (Kretatsʻi, Catholicos of Armenia): The Chronicle of Abraham of Crete: Patmutʻiwn of Katʻoghikos Abraham Kretatsʻi. Mazda Publishers, Costa Mesa 1999.
Esayi Hasan Jalaleants`: A Brief History of the Aghuank` Region. Mazda Publishers, Santa Ana 2009
Pavel Ivanovich Mogilevskīĭ, Petr Nikolaevich Ermolov: The 1823 Russian Survey of the Karabagh Province: A Primary Source on the Demography and Economy of Karabagh in the Early 19th Century. Mazda Publishers, Santa Ana 2011
The 1820 Russian Survey of the Khanate of Shirvan. A primary Source on the Demography and Economy of an Iranian Province Prior to its Annexation by Russia. Gibb Memorial Series, Cambridge 2016.
The 1819 Russian Survey of the Khanate of Sheki. A Primary Source on the Demography and Economy of an Iranian Province Prior to its Annexation by Russia. Mazda Publishers, Santa Ana 2016.
The 1829–1832 Russian Surveys of the Khanate of Nakhichevan. A Primary Source on the Demography and Economy of an Iranian Province prior to its Annexation by Russia. Mazda Publishers, Santa Ana 2016.
Arbeiten zur Erlangung wissenschaftlicher Grade
B.A. Thesis: The Armenian Community of Isfahan (Iran) in the 17th Century. Published in 2 parts in The Armenian Review in 1971–1972.
M.A. Thesis: The Rise of National and Political Consciousness among the Armenian, Georgian and Turko-Tatar Peoples and Their Role in the Russian Revolution of 1905-1907. Published in The Armenian Review in 1973.
Ph.D. Thesis: Eastern Armenia on the Eve of the Russian Conquest.