Die Gauliga Baden 1939/40 war die siebte Spielzeit der Gauliga Baden (offiziell ab 1940 Sportbereichsklasse Baden) im Fußball. Bedingt durch den Ausbruch des Zweiten Weltkrieges am 1. September 1939 konnte die Saison nicht planmäßig beginnen. Es wurde zunächst zur Überbrückung eine Runde um den Goldenen Adler ausgetragen, in Pforzheim, Karlsruhe und Freiburg wurden Stadtmeisterschaften ausgetragen. so dass die Liga in fünf Staffeln mit jeweils nur vier bis sechs Mannschaften aufgeteilt und anschließend eine Endrunde mit sechs Mannschaften ausgetragen wurde. Die Bereichsklasse wurde aufgrund der verkehrstechnischen Umstände und des späten Beginns am 19. November in drei Gruppen eingeteilt, wobei die Gruppe Südbaden zusätzlich in drei Staffeln eingeteilt wurde. Daran schloss sich eine Endrunde um die Bereichsmeisterschaft an, die Saison endete am 1. September 1940. Den Titel sicherte sich schließlich der SV Waldhof, der auch in der darauf folgenden Endrunde um die deutsche Meisterschaft erfolgreich abschnitt und erst im Halbfinale am späteren Meister FC Schalke 04 scheiterte. Da die Bereichsklasse Baden in der Folgesaison 1940/41 wieder eingleisig mit zehn Mannschaften durchgeführt wurde, gab es in dieser Runde zahlreiche Absteiger.
Der Sieger aus der Staffel Freiburg war direkt für die Endrunde qualifiziert, die Sieger der Staffeln Offenburg und Schwarzwald spielten zwei Entscheidungsspiele um den letzten Teilnehmer aus.
Untergruppe Freiburg
Die beiden Verein FC Rheinfelden und FV Lörrach nahmen auf Grund der schlechten Zugverbindungen nur außer Konkurrenz teil und sollte nur gegen die beiden Freiburger Vereine spielen. Die Aussicht, bei verbesserten Verkehrsverhältnissen auch die restlichen Spiele auszutragen erfüllten sich für beide Vereine kriegs- und witterungsbedingt nicht.
