Die Gauliga Baden 1938/39 war die sechste Spielzeit der Gauliga Baden im Fußball. Sie begann am 11. September 1938 und endete am 18. Mai 1939. Vorjahresmeister VfR Mannheim verlor keines der 18 Saisonspiele, verteidigte damit seinen Titel souverän und qualifizierte sich für die Endrunde um die deutsche Meisterschaft. Im Kampf gegen den Abstieg ging es in dieser Runde äußerst knapp zu. Der zweite Absteiger neben dem abgeschlagenen Neuling Offenburger FV wurde – nach etlichen Protesten – durch ein Entscheidungsspiel zwischen der SpVgg Sandhofen und dem VfL Neckarau ermittelt. Sandhofen gewann mit 2:0 und Neckarau hätte erstmals seit Bestehen der Gauliga in die Zweitklassigkeit absteigen müssen. Da die Saison 1939/40 bedingt durch den Kriegsausbruch in mehreren Staffeln ausgetragen wurde, traten beide „Absteiger“ dennoch wieder in der höchsten Spielklasse an.
Die Kreuztabelle stellt die Ergebnisse aller Spiele dieser Saison dar. Die Heimmannschaft ist in der linken Spalte, die Gastmannschaft in der oberen Zeile aufgelistet.
Auf Grund einer Autopanne konnte der VfL Neckarau nicht zu dem Spiel bei Phönix Karlsruhe antreten. Das Spiel wurde mit 0:0 Toren als Sieg für Karlsruhe gewertet.
Entscheidungsspiel Platz 8:
Da am Ende der Spielzeit noch nicht abzusehen war, dass die Gauliga kriegsbedingt zur kommenden Spielzeit erweitert wird, gab es ein Entscheidungsspiel um den Klassenerhalt zwischen den beiden punktgleichen Mannschaften von Sandhofen und Neckarau, welches Sandhofen siegreich bestreiten konnte. Das Spiel wurde auf Anordnung des Reichsfachamtes ausgetragen.
Durch die nachträgliche Erweiterung der Gauliga Baden 1939/40 stiegen neben den beiden Siegern der Aufstiegsrunde alle weiteren teilnehmenden Vereine auf, wobei der FC Rheinfelden die kommenden Spielzeit wegen der exponierten Lage außer Konkurrenz spielte.
