Meister SpVgg Unterhaching war für die Teilnahme an den Aufstiegsspielen zur 3. Fußball-Liga qualifiziert und konnte dort den Aufstieg in die 3. Liga erreichen.
Abstieg aus der Regionalliga Bayern
Die zwei Mannschaften auf den Plätzen 17 und 18 der Regionalliga Bayern steigen am Ende der Saison ab. Die zwei Mannschaften auf den Plätzen 15 und 16 spielen mit den beiden Vizemeistern der Staffeln der Bayernliga die verbleibenden Plätze in der Regionalliga Bayern aus. Durch den Abstieg der ersten Mannschaft des TSV 1860 München aus der 2. Bundesliga und der Nichtzulassung für die Saison 2017/18 zur dritten Liga steigt die zweite Mannschaft der Münchner Löwen automatisch in die Bayernliga ab.
Die Zweitmannschaften von Erst- und Zweitligisten durften nur Spieler einsetzen, die während des gesamten Spieljahres (1. Juli bis 30. Juni) nicht älter als 23 Jahre waren (U23). Somit waren in dieser Saison grundsätzlich nur Spieler spielberechtigt, die am oder nach dem 1. Juli 1993 geboren wurden. Darüber hinaus durften sich drei ältere Spieler gleichzeitig im Spiel befinden. Die Zweitmannschaften waren zudem nicht zur Teilnahme am DFB-Pokal berechtigt.
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Aufgrund des Abstiegs der Profimannschaft des TSV 1860 München in die 3. Liga wurde die Zweitmannschaft mit 0 Punkten an das Ende der Tabelle gesetzt. Die erspielten Ergebnisse behielten ihre Gültigkeit und wurden eingerechnet. Ursprünglich beendete die Mannschaft die Saison mit 63 Punkten auf dem zweiten Tabellenplatz.
Kreuztabelle
Die Kreuztabelle stellt die Ergebnisse aller Spiele dieser Saison dar. Die Heimmannschaft ist in der linken Spalte, die Gastmannschaft in der oberen Zeile aufgelistet.
Verlegte Partien wurden der ursprünglichen Terminierung entsprechend angerechnet, damit an allen Spieltagen für jede Mannschaft die gleiche Anzahl an Spielen berücksichtigt wird.
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Torschützenliste
Bei gleicher Anzahl von Treffern sind die Spieler nach dem Nachnamen, soweit vorhanden, alphabetisch geordnet.
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