Seine Eltern waren der preußische Justizkommissar Johann Christian Friedrich Beneke (ca. 1762–1815) und dessen Ehefrau die Pfarrerstochter Charlotte Henriette Auguste Wilmsen.
Beneke machte den Feldzug von 1815 als freiwilliger Jäger mit und befasste sich seit 1816 in Halle und Berlin mit philosophischen Studien, deren Richtung die beiden Schriften Erfahrungsseelenlehre als Grundlage alles Wissens (Berlin 1820) und Erkenntnislehre nach dem Bewußtsein der reinen Vernunft (Jena 1820) bezeichneten. Kurz darauf habilitierte er sich in Berlin als Privatdozent; da er aber 1822 in Berlin eine Grundlegung zur Physik der Sitten hatte erscheinen lassen, in welcher man Materialismus witterte, wurde ihm die Fortsetzung seiner Vorlesungen untersagt. Um Missdeutungen vorzubeugen, gab er die „Schutzschrift für meine Grundlegung zur Physik der Sitten“ (Leipzig 1823) heraus und siedelte 1824 nach Göttingen über, wo er als Privatdozent lehrte. Hier befasste er sich vor allem mit psychologischen Fragestellungen.
Im Jahre 1827 kam er als akademischer Lehrer wieder nach Berlin, und nach Hegels Tod erhielt er im Frühjahr 1832 eine außerordentliche Professur der Philosophie. Zur praktischen Philosophie gab er seit 1851 die Zeitschrift Archiv für die pragmatische Psychologie etc. (1851–1853) heraus.
Seit dem 1. März 1854 galt er als vermisst. Erst mehr als zwei Jahre später wurde seine Leiche am 3. Juni 1856 im Schiffskanal bei Charlottenburg gefunden. Es bestand der Verdacht, dass er in einem Anfall von Depression Selbstmord begangen hatte.[1]
Psychologische Skizzen. Skizzen zur Naturlehre der Gefühle In Verbindung mit einer erläuternden Abhandlung über die Bewusstwerdung der Seelenthätigkeiten.
Grundlinien der Sittenlehre. Ein Versuch eines natürlichen Systems derselben. Mittler, Berlin/Posen/Bromberg 1837–1841, 2 Bde.(Digitalisat Band 1), (Band 2)
Reinhard Mehring: Aus der Elendsgeschichte des deutschen Privatdozenten. Prosastücke zum denkwürdigen Schicksal des Friedrich Eduard Beneke. Matthes & Seitz, Berlin 2022, ISBN 978-3-7518-0544-5.
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