Zillner studierte in Wien Medizin, kam 1844 als Arzt an das Salzburger St. Johanns-Spital und arbeitete später in der Landes-Irrenanstalt (heutige Christian-Doppler-Klinik). Er galt als wichtigster Vertreter der Ethnographie des 19. Jahrhunderts in Salzburg, trug wesentlich zum intellektuellen und materiellen Aufschwung der Stadt bei, gab medizinische Publikationen heraus und war als Gemeinderat auch politisch tätig.
Ueber den Einfluß der Witterung auf die Entstehung gastrischer Krankheiten in der Salzburger Stadtbevölkerung und über die Ursachen der Typhusepidemie des Jahres 1865 zu Salzburg. In: Mitteilungen der Gesellschaft für Salzburger Landeskunde. Band 6, 1866, S. 71–168 (zobodat.at [PDF]).
Streifzüge auf dem geschichtlichen Quellengebiete des Christenthumes in Baiern. Ein Beitrag zur Beleuchtung der Rupertusfrage. In: Mitteilungen der Gesellschaft für Salzburger Landeskunde. Band 34, 1878, S. 1–80 (zobodat.at [PDF]).
Zur Geschichte des salzburgischen Salzwesens. Volkswirtschaftliche Rückblicke und ortsgeschichtliche Erläuterungen. In: Mitteilungen der Gesellschaft für Salzburger Landeskunde. Band 20, 1880, S. 1–64 (zobodat.at [PDF]).
Die salzburgischen Marktflecken. Eine geschichtliche Studie. In: Mitteilungen der Gesellschaft für Salzburger Landeskunde. Band 34, 1894, S. 153–216 (zobodat.at [PDF]).