Vor der Eröffnung des Ketchikan International Airports (KTN) im Jahre 1973 war der Annette Island Airport der wichtigste Flugplatz im Linienflugverkehr für die Region um Ketchikan, einer Stadt, welche sich rund 32 km nördlich des Flughafens befindet.
Später benutzte PanAm die Douglas DC-6B und die Boeing 377 am Flughafen. Während der späten 1950er Jahre verband Pacific Northern Airlines Annette Island mit Lockheed Constellation mit Nonstop-Flügen nach Seattle und Juneau. Zudem gab es auch Direktflüge nach Anchorage, Cordova und Yakutat.[6] Die ersten Jets erreichten den Flughafen in den frühen 1960er Jahren. Im Jahr 1963 flog die PanAm mit einer Boeing 707 täglich die Strecke Seattle – Annette Island – Juneau.[7] Ab 1965 nutzte Pacific Northern Boeing 720 auf Nonstop-Flügen nach Seattle und Juneau, wie auch auf Flügen nach Anchorage via Juneau.[8][9] Im Jahr 1967 wurde Pacific Northern von Western Airlines übernommen, welche den Flugbetrieb aufrechterhielt.[10] Im Jahre 1968 wurden erstmals Boeing 720B sowohl auf Nonstop-Flügen nach Juneau und Seattle als auch auf Direktflügen nach Portland (Oregon), San Francisco und Los Angeles eingesetzt.[11][12][13][14] Im Jahr 1971 sprach die Civil Aeronautics BoardAlaska Airlines die Strecken der Western Airlines zu.
Mit der Eröffnung des Ketchikan International Airport im Jahre 1973 verlor Annette Island alle Linienflüge, da sämtliche Fluggesellschaften nach Ketchikan umzogen. Vor dem Umzug nutzte Alaska Airlines Amphibienflugzeuge (Consolidated PBY Catalina und Grumman Goose) für den kurzen Flug zwischen dem Flughafen von Annette Island und der Wasserlandestelle von Ketchikan, wie auch zu anderen Zielen im südöstlichen Alaska.[15][16]
Am 22. Februar 1949 geriet eine Curtiss C-46A Commando der US-amerikanischen Golden North Airways (Luftfahrzeugkennzeichen unbekannt) auf der vereisten Landebahn auf dem Flughafen Annette Island bei Seitenwind von der Bahn herunter. Die Maschine kam in unwegsamem Gelände zum Stehen, überschlug sich und fiel zurück. Alle sechs Insassen, vier Besatzungsmitglieder und zwei Passagiere, überlebten den Unfall.[18]