Vorläufer der heutigen Diözese ist die Apostolische Präfektur Nilo Equatoriale, die am 12. Juni 1923 durch Papst Pius XI. aus der Präfektur Bahr el-Ghazal gegründet wurde. Am 10. Dezember 1934 erfolgte die Erhebung zu einem Apostolischen Vikariat; am 1. Dezember 1950 die Umfirmierung zum Apostolischen Vikariat Gulu. Am 25. März 1953 wurde durch Papst Pius XII. das Bistum Gulu gebildet; erster Bischof war Antonio Vignato MCCJ. Es folgten die SuffraganbistümerArua (1958), Lira (1965) und Nebbi (1968). Papst Johannes Paul II. erhob das Bistum am 2. Januar 1999 zum heutigen Erzbistum Gulu. Erster Erzbischof war Martin Luluga.