Wann Koch nach Wien gekommen ist, lässt sich nicht genau bestimmen. Er machte jedenfalls 1788 einen Entwurf für die Fassade der Michaelerkirche und scheint ab 1791 in den Zunfttafeln der Baumeisterinnung auf. In der Folge wirkte er bis zu seinem Tode als Hofbaumeister in der k.k. General-Hofbaudirektion, war daneben aber auch privat tätig. Ernst Koch war mit Anna Katharina Gillinger verheiratet, mit der er fünf Kinder hatte. Sein Sohn Josef Koch war ebenfalls Baumeister in Wien.
Werk
Ernst Koch war Vertreter des Klassizismus. Seine Neufassadierungen der Michaelerkirche und des Theresianums hatten Einfluss auf seine Zeitgenossen. Koch errichtete vor allem Wohnbauten, bei denen er den früheren nüchternen josephinischen Stil mit seiner Konzentration auf die Dekoration lediglich rund um die Fenster insofern weiterentwickelte, als bei ihm die gesamte Fassade an Bedeutung gewinnt. Koch war einer der bedeutendsten Baumeister Wiens in der Zeit um 1800.