Bischofskirche der Diözese ist der Dom zum hl. Martin in Eisenstadt, dessen Geschichte bis ins 13. Jahrhundert zurückgeht.
Das Diözesangebiet war bis zum Ende des Ersten Weltkrieges Teil Ungarns und gehörte bis 1922 zu den Diözesen Győr/Raab und Szombathely/Steinamanger. Im Jahre 1921 wurde das sogenannte Deutsch-Westungarn als Burgenland ein Bundesland der Republik Österreich.
Der Anschluss Österreichs im Jahr 1938 brachte schwere Rückschläge durch die Auflösung katholischer Privatschulen und die Behinderung des Seelsorge. Die Kirchenverwaltung musste zunächst nach Mattersburg und dann nach Bad Sauerbrunn verlegt werden.
Nach dem Zweiten Weltkrieg wurde Joseph Schoiswohl 1949 zum Administrator ernannt, der die Kirchenverwaltung wieder nach Eisenstadt verlegte.
Während des Episkopats von Stephan László wurde das Gebiet durch Papst Johannes XXIII. mit der BulleMagna quae vom 15. August 1960 zur Diözese erhoben.
Seit den 2010ern wird die Errichtung von Seelsorgeräumen forciert, um dem Pfarrermangel entgegenzuwirken.[2][3] Dabei sind nach Umbesetzungen der Pfarrebene innerkirchliche Aufregungen bekannt geworden.[4][5]
Ernst Heissenberger: 60 Jahre Diözese Eisenstadt. Das Christentum im Burgenland von den Anfängen bis Heute. Diözesanarchiv Eisenstadt, Eisenstadt 2019.