Die Kommende wurde im Jahre 1219 gegründet,[3] nachdem der Hochfreie Andreas von Hohenlohe dem Deutschen Orden beigetreten war. Dieser schloss vor dem Würzburger Bischof Otto von Lobdeburg (1207–1223) mit seinen Brüdern Gottfried und Konrad einen Erbvergleich, der dem Orden seine Besitzungen in Mergentheim einschließlich zweier Burgen übertrug. Die Erbteilungsverträge und Schenkungen wurden von Kaiser Friedrich II. (1212–1250) bestätigt.[2]
Neben der Stifterfamilie wurde der Deutsche Orden in der Folge besonders durch die hohenlohische Ministerialität gefördert. Mergentheim war eine typische „Hauskommende“, die es dem Stiftergeschlecht ermöglichte, sowohl die eigenen Kinder standesgemäß zu versorgen als auch das Stiftungsgut der Familie auf Dauer nutzbar zu erhalten. So nahmen während des gesamten 13. Jahrhunderts auch Angehörige der Hohenlohe führende Stellungen im Deutschen Orden ein.[2]
1269 erwarb der Deutsche Orden von den Hohenlohe die um 1090 vom letzten Grafen von Rothenburg und seiner Mergentheimer Gattin am Rande des alten Mergentheim erbaute und nachfolgend von den Staufern als Lehen vergebene Burg.[4] Diese entwickelte sich in der Folgezeit zur bevorzugten Residenz der Deutschmeister. Nach der Reformation wurde die Wasserburg im Jahre 1525 sogar der Hauptsitz des Südwestens der Hoch- und Deutschmeister und damit zur Zentrale des Deutschen Ordens, nachdem zuvor in den Bauernkriegen im selben Jahr die Burg Horneck zerstört worden war.[2][5]
Von 1527 bis 1809 blieb der Hauptstützpunkt des Deutschen Ordens in Mergentheim erhalten und es wurden bedeutende Gäste wie der Kaiser und einflussreiche Fürsten empfangen.[5]
M. Erzberger: Die Säkularisation in Württemberg von 1802 bis 1810. Ihr Verlauf und ihre Nachwirkungen. Stuttgart 1902, ND Aalen 1974. 321 ff.
W. Zimmermann / N. Priesching (Hrsg.): Württembergisches Klosterbuch. Klöster, Stifte und Ordensgemeinschaften von den Anfängen bis in die Gegenwart. Stuttgart 2003. 346–349.
B. Demel: Das Priesterseminar des Deutschen Ordens zu Mergentheim (Quellen und Studien zur Geschichte des Deutschen Ordens 12). Bonn-Godesberg 1972.
B. Demel: Mergentheim – Residenz des Deutschen Ordens (1525–1809). In: Zeitschrift für Württembergische Landesgeschichte, 1 (1937) ff. 34/35 (1975/1976) 142–212.
E. RAUPP: Die Bautätigkeit des Deutschen Ordens in seiner ehemaligen Residenzstadt Mergentheim unter besonderer Berücksichtigung des Ordensschlosses (Mainfränkische Studien 9). Würzburg 1975.
D. WOJTECKI: Der Deutsche Orden in Württembergisch Franken. Entwicklung der Besitz- und Personalgeschichte der Kommenden Mergentheim, Heilbronn und Horneck im 13. Jahrhundert. In: Württembergisch Franken 60 (1976) 55–113.
H.-P. TRENSCHEL: Deutschordensschloss Bad Mergentheim mit Schlosskirche und Deutschordensmuseum. München/Zürich 6 1988.
D. J. Weiss: Die Deutschordens-Ballei Franken im Mittelalter (Veröffentlichungen der Gesellschaft für fränkische Geschichte IX/39). Neustadt a. d. Aisch 1991, 73–84, 219–224, 440–451.
B. Klebes: Der Deutsche Orden in der Region Mergentheim im Mittelalter. Kommende, Stadt- und Territorialherrschaft (1219/20–ca. 1525) (Quellen und Studien zur Geschichte des Deutschen Ordens 58). Marburg 2002.
W. Hartmann: Grafensitze – Königsburg – Deutschordensschloss. Die unbekannte Burgengeschichte von Bad Mergentheim. Plexus Verlag, Amorbach 2019, ISBN 978-3-937996-69-1.