Bei der Gründung des AfD-Landesverbandes Bremen im Mai 2013 wurden Schäfer zum Landessprecher gewählt. Er kandidierte bei der Bundestagswahl 2013 im Wahlkreis Bremen I und auf Platz 1 der Landesliste. Hierbei erreichte er 2,9 % der abgegebenen Erststimmen.[1] Zur Bremer Bürgerschaftswahl 2015 war Schäfer AfD-Spitzenkandidat. Er erhielt 4324 Stimmen.[2] Da die AfD in Bremen die Fünf-Prozent-Hürde überwand, wurde Schäfer in die Bürgerschaft gewählt.
Schäfer trat nach dem AfD-Bundesparteitag 2015 in Essen aus der AfD aus.[3][4] Er war federführend bei der Gründung des Landesverbandes Bremen Allianz für Fortschritt und Aufbruch[5][6] und wurde 2016 als stellvertretender Bundesvorsitzender der Allianz für Fortschritt und Aufbruch gewählt.[7]
Er gehörte in der Bürgerschaft der GruppeLiberal-Konservative Reformer Bremen an, die im Juli 2015 kurzzeitig den Namen Bremer Bürgerliche Reformer trug. Im Juni 2017 erklärten die LKR-Abgeordneten Piet Leidreiter und Klaus Remkes ihren Übertritt zur Wählervereinigung Bürger in Wut.[8] Seitdem vertrat Schäfer die LKR als Einzelabgeordneter in der Bremischen Bürgerschaft. Er war damit auch der letzte verbliebene LKR-Abgeordnete in einem deutschen Landesparlament.