In seinem Werk widmete sich Boettcher vor allem Porträt- und Figurenbildern, wobei er anfänglich – unter dem Einfluss Carl Wilhelm Hübners – sozialkritische Themen bevorzugte, etwa mit den Gemälden Der Blinde und sein Führer (1845) und Die Entlassung des Gefangenen (1848). In den 1860er/70er Jahren entstanden Gemälde, die die Darstellung von Menschen, Städten und Landschaften am Rhein, lokalisierbar zwischen Bingen und Köln, zusammenfügen und deren Themen gelegentlich in der Tradition Adolph Schroedters stehen. Im Gegensatz zu Schroedter, der häufig einen satirischen und kritischen Ansatz verfolgte, betonen Boettchers populäre Kompositionen abweichend von der Lebenswirklichkeit jedoch eine spätromantisch-sentimentale Stimmung, etwa in Heuernte am Rhein (1856) sowie Abend am Rhein (1860) und Sommernacht am Rhein (1862), die beide (identifizierbare) Düsseldorfer Künstler vor einem Wirtshaus zeigen, Rheinische Ernte bei Sinzig (1864), Der Tourist am Rhein – vermutlich der Maler Adolf Seel – (1865), Landhaus am Rhein (1866), Auszug zur Weinlese (1867), Am Marktbrunnen einer rheinischen Stadt (1870), Rheinfahrt an der Loreley (1880) und Oberwesel mit Schönburg (1884). Auch als Bildnismaler und -zeichner trat Boettcher in Erscheinung, unter anderem mit Porträtzeichnungen der Maler Carl Gottfried Eybe und Hermann Werner. Lithografien nach seinen Arbeiten erschienen in den Düsseldorfer Künstleralben sowie in der „Sammlung von Lithographien nach Genrebildern Düsseldorfer Künstler“, Holzstiche in vielen illustrierten Blättern der Zeit. Sein eigenes Bildnis, gemalt von Ernst Bosch, ein weiteres von Adolf Lins sowie eine Karikatur besitzt der Künstlerverein Malkasten in Düsseldorf.
Gemälde
Zu den bekanntesten und bedeutendsten dieser rheinischen Bilder gehören
Heinrich Ed. Anschütz als Marquis Posa in Schillers ‚Don Carlos‘ (1840), München, Theatermuseum
Der Blinde und sein Führer (1845)
Bildnis Amalie Wolff, spätere Frau von Benkraths (1847), Krefeld, Kaiser Wilhelm Museum
Entlassung eines Gefangenen (1848)
Bildnis der Frau Wilhelm Beissel (1849)
Nach der Schlacht (1851)
Heimkehr vom Schulfest / Maitag (1852), Bonn, Rheinisches Landesmuseum
Der strafende Schuhmacher (1853)
Bildnis der Mathilde Mollier, geb. von Franqué (1853)
Allgemeines Künstlerlexikon. Leben und Werke der berühmtesten bildenden Künstler. Vorbereitet von Hermann Alexander Müller, herausgegeben von Hans Wolfgang Singer. Literarische Anstalt Rütten & Loening, Frankfurt am Main 1921, Band 1.
Adolf Rosenberg: Aus der Düsseldorfer Malerschule. Studien und Skizzen. Leipzig 1889, S. 36.
Friedrich Schaarschmidt: Zur Geschichte der Düsseldorfer Kunst insbesondere im XIX. Jahrhundert. Düsseldorf 1902, S. 179 (Abb.).
Karl Koetschau (Hrsg.): Rheinische Malerei in der Biedermeierzeit. Düsseldorf 1926, S. 89.
Hundert Jahre Künstlerverein Malkasten Düsseldorf 1848–1948. Düsseldorf 1948, S. 19 (Abb.).
Ute Immel: Die deutsche Genremalerei im 19. Jahrhundert. Diss. Univ. Heidelberg 1967, S. 288 ff.
Wolfgang Hütt: Die Düsseldorfer Malerschule. 1819–1869. Leipzig 1995.
Sabine Schroyen (Bearb.): Quellen zur Geschichte des Künstlervereins Malkasten. Ein Zentrum bürgerlicher Kunst und Kultur in Düsseldorf seit 1848. Köln 1992.
Hans Paffrath (Hrsg.): Meisterwerke der Düsseldorfer Malerschule. Düsseldorf 1995 (Abb.).
Meinhard Michael: Boettcher, Christian Eduard. In: Allgemeines Künstlerlexikon. Die Bildenden Künstler aller Zeiten und Völker (AKL). Band 12, Saur, München u. a. 1995, ISBN 3-598-22752-3, S. 206.
Hans Paffrath (Hrsg.): Lexikon der Düsseldorfer Malerschule 1819–1918. Band 1: Abbema–Gurlitt. Herausgegeben vom Kunstmuseum Düsseldorf im Ehrenhof und von der Galerie Paffrath. Bruckmann, München 1997, ISBN 3-7654-3009-9, S. 154–158 (Abb.).
Siegfried Weiß: Christian Eduard Böttcher – „Rheinromantik“ mit Düsseldorfer Malern. In: Weltkunst, Heft 1, 1. Januar 1998 (Abb.).