Seit 1978 arbeitet Ankowitsch als Journalist. Er war von 1978 bis 1981 freier Mitarbeiter bei der Kleinen Zeitung (Graz), von 1983 bis 1987 beim Falter (Wien) und von 1988 bis 1993 bei Der Standard (Wien). Von 1993 bis 2001 arbeitete er für Die Zeit (Hamburg), bei der er von 1996 bis 1999 Leiter der Online-Redaktion war. In den Jahren 2000 und 2001 leitete er gemeinsam mit einem Kollegen das Ressort „ZEITLeben“ in Berlin. Seitdem ist er als freier Journalist und Buchautor tätig.
Im Oktober 2008 präsentierte Christian Ankowitsch die tägliche Video-Show Dr. Ankos 365, in der er historische Themen des Tages auf unterhaltsame Weise erklärte. Die Videos waren auf den Websites von bild.de,welt.de,morgenpost.de,wissen.de und sevenload zu sehen. Auf letzteren beiden Online-Medien sind sie es heute noch. Eine Fortsetzung wurde in Aussicht gestellt, aber bisher nicht realisiert.
Am 14. März 2011 moderierte Ankowitsch zum ersten Mal die Literatursendung les.art des ORF, die viermal im Jahr auf ORF 2 ausgestrahlt wird. Von 2013 bis 2022 moderierte Christian Ankowitsch die Jurydiskussionen beim Ingeborg-Bachmann-Preis, ab 2015 gemeinsam mit Zita Bereuter, in den Jahren 2021 und 2022 mit Cécile Schortmann.[1][2][3][4] Mit der Ausgabe 2023 soll ihm Peter Fässlacher als Moderator nachfolgen.[5]
mit Cosima Schneider (Gestaltung): Dr. Ankowitschs kleines Konversations-Lexikon. Eine Sammlung wichtigen Wissens, Eichborn, Frankfurt/M. 2004, ISBN 3-8218-4895-2.
Dr. Ankowitschs kleines Universalhandbuch, mit Elisabeth Gronau. Eine Sammlung wichtiger Ratschläge, Eichborn, Frankfurt/M. 2005, ISBN 3-8218-4931-2.
Dr. Ankowitschs Illustriertes Hausbuch, mit Elisabeth Gronau. Eine Sammlung interessanter Bilder und Illustrationen, Eichborn, Frankfurt/M. 2006, ISBN 3-8218-4960-6.
Das Gute und das Fiese. Besser leben mit SpongeBob Schwammkopf. Philosophische Erörterung über das Leben, dargestellt mit Beispielen aus SpongeBob-Schwammkopf-Folgen, Booklett, Berlin, ISBN 3-940153-06-0.
Wir Jungs. Ein Handbuch für Väter, Söhne und andere Abenteurer. Kunstmann, München 2008, ISBN 978-3-88897-535-6.
Dr. Ankowitschs kleiner Seelenklempner. Wie Sie sich glücklich durchs Leben improvisieren und alle Ihre großen Ziele erreichen - na gut, vielleicht nicht alle, sondern ein paar, vielleicht sogar die wichtigsten ... Ein Handbuch über die Kunst des Durchwurstelns. Rowohlt, Berlin 2009, ISBN 3-87134-648-9.
Frankfurt? Frankfurt! Eine Liebeserklärung an die Stadt am Main. Societäts-Verlag, Frankfurt/Main, ISBN 3-7973-1148-6.