Waltner war zerst Schüler von Jean-Léon Gérôme und Léon Bonnat, bei denen er Malerei studierte.[1] Erst später wurde er von Henriquel-Dupont in der Kunst des Kupferstechens und Radieren unterwiesen. Nachdem er anfangs einige kleinere Blätter gestochen hatte, wandte er sich später hauptsächlich der Radierkunst zu und erreichte bald in der Wiedergabe von Gemälden der koloristischen Richtung, insbesondere Rembrandts, große Fähigkeiten.
1868 errang Waltner den Prix de Rome der ihm einen Aufenthalt in Rom ermöglichte. Waltner wurden viele Ehrungen zuteil. So wurde er 1888 Ehrenmitglied der Akademie der bildenden Künste Wien[2]. Weiterhin wurde er 1899 zum Offizier der Ehrenlegion ernannt.[3][4] 1908 wurde Waltner in die Académie des Beaux-Arts aufgenommen.