Cerklje na Gorenjskem wurde in historischen Quellen 1147 als Sancta Maria (und 1239 als Ecclesia sancte Marie in Cirkelach und 1271 in Zirchlach) erwähnt. Der Name Cerklje leitet sich vom Pluraldemonym *Cerkъvľane (< *cerьky „Kirche“) ab und bedeutet „Menschen, die auf dem Territorium der Kirche leben“ oder „Bewohner des Dorfes mit der Kirche“.[3] Die Siedlung war auf Slowenisch auch als Trnovlje bekannt (urkundlich erwähnt in Tirnovlach im Jahr 1239), aufgrund der Kirche, die Unserer Lieben Frau vom Dorn geweiht war (Slowenisch: Marija v Trnju).[4]
Der Name der Siedlung wurde 1952 von Cerklje in Cerklje na Gorenjskem geändert.[5] Früher war der deutsche Name Zirklach.[6][7]