Hier bestand an der archäologischen Ausgrabungsstätte Povoado do Castelo da Mina vermutlich seit der Eisenzeit eine Siedlung, die unter römischer Herrschaft ausgebaut wurde.[3] Die nahe Vila Maior war eine weitere, vermutlich bedeutendere römische Ortschaft in der heutigen Gemeinde Cabeça Boa.[4]
Im Mittelalter, insbesondere während der Reconquista wurde der Ort mehrmals verlassen und wiederbesiedelt.[3]
1884 wurde die Gemeinde Cabeça Boa um die bis dahin eigenständige Gemeinde Cabeça do Mouro erweitert.
Verwaltung
Bevölkerungsentwicklung in der Gemeinde Cabeça Boa (1864–2011)