Das Bistum San Cristóbal de Las Casas wurde am 19. März 1539 durch PapstPaul III. aus Gebietsabtretungen des Bistums Antequera als Bistum Chiapas errichtet und dem Erzbistum Sevilla als Suffraganbistum unterstellt. Am 12. Februar 1546 wurde das Bistum Chiapas dem Erzbistum-Mexiko-Stadt als Suffraganbistum unterstellt. Das Bistum Chiapas wurde am 23. Juni 1891 dem Erzbistum Antequera als Suffraganbistum unterstellt. Am 19. Juni 1957 gab das Bistum Chiapas Teile seines Territoriums zur Gründung des mit der Apostolischen KonstitutionCum Nos errichteten Bistums Tapachula ab.[1] Eine weitere Gebietsabtretung erfolgte am 27. Oktober 1964 zur Gründung des mit der Apostolischen Konstitution Cura illa errichteten Bistums Tuxtla Gutiérrez.[2]
Am 27. Oktober 1964 wurde das Bistum Chiapas in Bistum San Cristóbal de Las Casas umbenannt. Das Bistum San Cristóbal de Las Casas wurde am 25. November 2006 durch Papst Benedikt XVI. mit der Apostolischen Konstitution Mexicani populi dem Erzbistum Tuxtla Gutiérrez als Suffraganbistum unterstellt.[3]