Fünfzehnjährig wurde Eisenmenger 1845 von der Akademie der bildenden Künste in Wien aufgenommen und errang schon nach 14 Tagen den ersten Preis im Zeichnen. Seine beschränkten finanziellen Verhältnisse zwangen ihn, in den Jahren nach 1848 den Besuch der Akademie zu unterbrechen. Erst 1856 fand er eine gesicherte Anstellung, als er Carl Rahls Schüler und neben Eduard Bitterlich und Christian Griepenkerl einer seiner besten Mitarbeiter wurde.[1]
1863 wurde er Zeichenlehrer an der protestantischen Realschule in Wien, setzte aber daneben die Malerei fort. 1872 zum Professor an der Akademie ernannt, gründete er auch eine Privatschule zur Heranbildung jüngerer Talente in der Monumentalmalerei, aus der beispielsweise Rodolphe Ernst hervortrat.[1] An der Akademie hatte er beispielsweise Hyacinth von Wieser (1848–1877)[2] sowie Heinrich Hans Schlimarski (1859–1913)[3] und Moritz Coschell (1872–1943) unterrichtet.
Eisenmenger liegt in einem Ehrengrab auf dem Wiener Zentralfriedhof in der Abteilung 32 A, Nummer 38 der Komponistenabteilung, begraben.[4]
Im Jahr 1913 wurde in Wien-Döbling eine Gasse nach ihm benannt. Diese zweigte bei der Weinberggasse 74 ab, wurde allerdings später durch Werkserweiterungen der Gräf & Stift in das Werk integriert und als Werksstraße benutzt.[5]
Im Jahr 1959 wurde in Wien-Favoriten (10. Bezirk) die Eisenmengergasse nach ihm benannt.
1869: die in Wachsfarben ausgeführten Deckengemälde Apollo und die neun Musen, auf Nebenfeldern von Genien umschwebt im Goldenen Saal des Wiener Musikvereins.
1871/74: 12 allegorische Friesmedaillons im Museum für Kunst und Industrie, die verschiedenen Zweige kunsthandwerklicher Produktion darstellen, die durch ihre „poetische Auffassung und technische Ausführung zu seinen besten Monumentalmalereien gehören“, sowie die Fresken an der Rückseite der Akademie.[7]
1876: Fresken an der Südseite des Akademiegebäudes.
1878: malte er den Vorhang des Neuen Theaters in Augsburg mit einer Darstellung des Äsop, der dem Volk von einer Brunnensäule herab seine Fabeln vorträgt.
1881: begann er die Ausschmückung des Treppenhauses im Justizpalast
1885: vollendete er einen Zyklus von friesartigen Kompositionen im Sitzungssaal des Abgeordnetenhauses im Reichsratsgebäude, welcher die Entstehung des modernen Staatswesens aus ungeordneten Verhältnissen darstellt.[7]