Nach seiner Priesterweihe 1920 war er zunächst in der Seelsorge tätig. Da man ihm jedoch aufgrund gesundheitlicher Probleme keine lange Lebenserwartung zusprach, suchte man eine andere Aufgabe für ihn: Am 15. April 1936 wurde er zum Archivar am Bischöflichen Generalvikariat Trier und am 4. August 1936 schließlich zum ersten Diözesanarchivar des Bistums Trier ernannt. Er baute aus verschiedenen Beständen, darunter das Archiv des Domkapitels und Akten des Bischöflichen Generalvikariates seit der Neuumschreibung der Diözese Trier im Jahre 1821, ein umfassendes Archiv auf. Er sicherte die Archivalien in einem Bunker beim Trierer Dom vor der Zerstörung im Zweiten Weltkrieg.[1] Auch die Thorarollen der Jüdischen Gemeinde Trier rettete Thomas vor der Vernichtung durch die Nationalsozialisten, verbarg sie im Bistumsarchiv und übergab sie nach dem Krieg der wiedergegründeten Gemeinde. Am 23. Februar 1987 ging er in Ruhestand, sein Nachfolger wurde Martin Persch.
Bereits 1952 hatte Thomas das Amt des Bistumskonservators im Bistum Trier übernommen und war als solcher häufig mit der Wiederherstellung kriegsbeschädigter Kirchen und Erweiterung zu klein gewordener Gotteshäuser befasst, wurde jedoch auch als (Kunst-)Sachverständiger bei Neubauplanungen und Anschaffung neuer kirchlicher Ausstattungsstücke herangezogen. Sein Nachfolger wurde 1966 Franz Ronig.
Die Theologie des mystischen Kelterbildes. L. Schwann, Düsseldorf 1935.
Die Darstellung Christi in der Kelter. Eine theologische und kulturhistorische Studie. Zugleich ein Beitrag zur Geschichte und Volkskunde des Weinbaus. L. Schwann, Düsseldorf 1936; unveränderter Nachdruck 1981.
Peter Alois Gratz. Ein Führer der Reformbewegung unter Bischof Hommer von Trier. 1947.
Vom heiligen Trier. 1950.
Maria der Acker und die Weinrebe in der Symbolvorstellung des Mittelalters. 1952.
Der Künstler des Segensis-Epitaphs in Trier-Liebfrauen. 1962.
Die christlichen Reformbestrebungen im Bistum Trier unter Bischof Josef von Hommer. Bachem 1971.
Josef von Hommer: Meditationes in vitam meam peractam. Eine Selbstbiographie. Hrsg., übersetzt und kommentier von Alois Thomas. Gesellschaft für Mittelrheinische Kirchengeschichte, Mainz 1976.
Die illuminierten Gradualien des 15. und 16. Jahrhunderts im Bistumsarchiv Trier. 1980.
Kirche unter dem Hakenkreuz. Erinnerungen und Dokumente. Paulinus-Verlag, Trier 1992, ISBN 3-7902-0091-3.
Literatur
Festschrift für Alois Thomas. Archäologische, kirchen- und kunsthistorische Beiträge. Zur Vollendung des 70. Lebensjahres am 18. Januar 1966 dargeboten von Freunden und Bekannten. Bistumsarchiv Trier, Trier 1967.
Corona Amicorum. Alois Thomas zur Vollendung des 90. Lebensjahres von Kollegen, Freunden und Schülern dargeboten. Trier 1986.
Martin Persch: Prälat Prof. Dr. Alois Thomas zum Gedenken. In: Archiv für mittelrheinische Kirchengeschichte. Bd. 45 (1993), S. 559.
Nachruf von Heinz Schwarz in Der Archivar, Jg. 47 (1994), S. 387 ff.
Martin Persch (Autor) und Alfons Friderichs (Hrsg.): Thomas, Prof. Dr. theol. Peter Alois, In: Persönlichkeiten des Kreises Cochem-Zell, Kliomedia, Trier 2004, ISBN 3-89890-084-3, S. 352 f.