Abwicklung der Leistungsentgelte und Förderprogramme für Agrarbetriebe soweit diese nicht vom Ministerium selbst verwaltet werden
Daneben ist die AMA mit der Abwicklung der Ausgleichszahlungen für Österreichs Bauern betraut. So wickelt sie neben den meisten Marktordnungsprämien auch die Zahlungen aus dem Umweltprogramm ÖPUL und die Ausgleichszulage für Bauern in Berg- und anderen benachteiligten Gebieten ab. Die AMA ist die von Österreich gegenüber der Europäischen Union beauftragte Zahlstelle, die diese Zahlungen durchführen darf.
Organisation
Die Organe sind:
Verwaltungsrat (Vorsitzende: Präs. LAbg. Michaela Langer-Weninger) bestehend aus je drei Vertretern der Präsidentenkonferenz der Landwirtschaftskammern Österreichs, der Bundesarbeitskammer, der Wirtschaftskammer und des Gewerkschaftsbundes.