Der AFC President’s Cup 2006 war die zweite Ausgabe des AFC President’s Cups, dem Vereinswettbewerb für die schwächsten asiatischen Fußball-Verbände. Alle acht teilnehmenden Mannschaften waren amtierende Landesmeister. Gespielt wurde in zwei Gruppen mit je 4 Mannschaften. Die beiden bestplatzierten jeder Gruppe qualifizierten sich für das Halbfinale. Das Turnier fand vom 10. Mai bis 21. September 2006 in Kuching, Malaysia statt.
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