6-Carboxyfluorescein

Strukturformel
Allgemeines
Name	6-Carboxyfluorescein
Andere Namen	3′,6′-Dihydroxy-1-oxospiro[2-benzofuran-3,9′-xanthen]-5-carbonsäure (IUPAC) 3′,6′-Dihydroxy-3-oxospiro[isobenzofuran-1(3H),9′-(9H)xanthen]-6-carbonsäure 6-FAM FLUOS
Summenformel	C21H12O7
Kurzbeschreibung	roter Feststoff[1]
Externe Identifikatoren/Datenbanken
CAS-Nummer 3301-79-9 EG-Nummer (Listennummer) 636-503-2 ECHA-InfoCard 100.164.295 PubChem 76806 ChemSpider 69262 Wikidata Q245486
Eigenschaften
Molare Masse	376,32 g·mol^−1
Aggregatzustand	fest
Schmelzpunkt	>300 °C[2]
Löslichkeit	löslich in DMF oder DMSO[1]
Sicherheitshinweise
GHS-Gefahrstoffkennzeichnung[2] keine GHS-Piktogramme H- und P-Sätze H: keine H-Sätze P: keine P-Sätze[2]
Wenn nicht anders vermerkt, gelten die angegebenen Daten bei Standardbedingungen (0 °C, 1000 hPa).

6-Carboxyfluorescein (6-FAM) ist ein Fluoreszenzfarbstoff mit einer Absorptionswellenlänge von 495 nm und einer Emissionswellenlänge von 517 nm.[1] Er kann sowohl in die Gruppe der Triphenylmethanfarbstoffe, als auch der Xanthenfarbstoffe eingeordnet werden. 6-FAM findet Verwendung in der Sequenzierung von Nukleinsäuren und in der Markierung von Nukleotiden.

Die häufig anzutreffende Bezeichnung FAM ist nicht korrekt, trägt aber der Tatsache Rechnung, dass das kommerziell erhältliche Produkt aus den beiden Isomeren 5-FAM und 6-FAM besteht.[3]

Verwendung

Bei der quantitativen Analyse von Nukleinsäuren mittels Real-Time-PCR wird das Phosphoramidit-Derivat 6-FAM-phosphoramidit eingesetzt. Bei diesem sind neben der Einführung des Phosphoramiditrestes die Hydroxygruppen von 6-FAM an den Positionen 3′ und 6′ mit Dimethylpropansäure verestert. Womit sich die Absorptions- und Emissionswellenlängen von 6-FAM-phosphoramidit und 6-Carboxyfluorescein unterscheiden.

Ein weiteres bekanntes Derivat von 6-Carboxyfluorescein ist sein Succinimidylester,[4] das die gleiche Anwendung findet, wie das Phosphoramidit, im Gegensatz zu diesem aber wie 6-FAM eine Absorptionswellenlänge von 495 nm und einer Emissionswellenlänge von 517 nm besitzt.[5]

Eigenschaften

Neben der offenen Carbonsäureform existiert, ebenso wie beim Fluorescein, die Spiro-Lacton-Form als Tautomer:

Tautomerie

Einzelnachweise

1. Eintrag zu 6-FAM bei Anaspec, abgerufen am 23. Oktober 2016.
2. Datenblatt 6-Carboxyfluorescein, ~97% (HPLC) bei Sigma-Aldrich, abgerufen am 27. Oktober 2016 (PDF).
3. Eintrag zu 6-Carboxyfluorescein in der ChemIDplus-Datenbank der United States National Library of Medicine (NLM) (Seite nicht mehr abrufbar, Inhalt nun verfügbar via PubChem ID 76806)
4. M. Adamczyk, J. R. Fishpaugh, K. J. Heuser: Preparation of succinimidyl and pentafluorophenyl active esters of 5- and 6-carboxyfluorescein. In: Bioconjug. Chem. 1997, 8 (2), S. 253–255. PMID 9095369.
5. Eintrag zu 6-FAM, SE bei Anaspec, abgerufen am 23. Oktober 2016.

Literatur

• J. W. Brandis: Dye structure affects Taq DNA polymerase terminator selectivity. In: Nucleic Acids Res. 27(8), 1999, S. 1912–1918. PMID 10101201. (PDF)
• J. A. Jordan u. a.: TaqMan-based detection of Trichomonas vaginalis DNA from female genital specimens. In: J. Clin. Microbiol. 39(11), 2001, S. 3819–3822. PMID 11682492. PDF