Die katholische St.-Stephanus-Kirche im ökumenischen Zentrum ist der Pfarrgemeinde „St. Marien“ als Filialkirche zugeordnet. Sie ist die jüngste Kirche im Dekanat Lüneburg, das zum Bistum Hildesheim gehört. Im Bistum Hildesheim entstanden 1977 in Hameln und 1982 in Hannover zwei weitere ökumenische Gemeindezentren.
Vom 1. September 1971 bis zum 15. März 1985 war Wilfried Meyer (1931–2016) Pastor in Kaltenmoor, während seines Wirkens wurde das Ökumenische Zentrum St. Stephanus erbaut. Am 1. Juni 1985 wurde die Pfarrei „St. Stephanus“ eingerichtet. Seit dem 1. August 2004 gehört die St.-Stephanus-Kirche zur Pfarrei „St. Marien“, die Pfarrei „St. Stephanus“ wurde in diesem Zusammenhang wieder aufgelöst.[1]
Bereits am 21. Mai 1960 wurde im späteren Einzugsgebiet der St.-Stephanus-Kirche, an der Georg-Böhm-Straße, das neuerbaute Kinderheim „Bonifatiusstift“ mit Kapelle eröffnet. Heute befindet sich an diesem Standort die heilpädagogische Kinder- und Jugendhilfeeinrichtung „St. Bonifatius“ und der gleichnamige Sprachheilkindergarten.
In der St.-Stephanus-Kirche stellen Statuen den heiligen Stephanus, den Schutzpatron des Ökumenischen Zentrums, sowie die heilige Ursula von Köln mit dem Lüneburger Rathaus in ihren Händen dar. In der Marienkapelle können vor einer Marienstatue Opferkerzen aufgestellt werden. Dort zeigt eine Darstellung auf einem Tabernakel einen Pelikan, der sich die Brust aufreißt, um seine Jungen mit Blut zu füttern, ein Symbol für Jesus Christus und die Eucharistie.
Anja Peyke: Ökumenische Zentren: ... miteinander in Eintracht wohnen (Ps. 133). In: Jahrbuch für Geschichte und Kunst im Bistum Hildesheim. 82./83. Jahrgang 2014/15, Hildesheim 2016, ISBN 978-3-7954-3143-3, S. 304–307.
Willi Stoffers: Bistum Hildesheim heute. Hildesheim 1987, ISBN 3-87065-418-X, S. 127.
↑Bischöfliches Generalvikariat: Urkunde über die Auflösung der katholischen Pfarrgemeinden St. Marien, Lüneburg, St. Stephanus, Lüneburg, Christ-König, Adendorf, St. Godehard, Amelinghausen, und über die Errichtung der katholischen Pfarrgemeinde St. Marien, Lüneburg. Bistum Hildesheim, Kirchlicher Anzeiger Nr. 7/2004 (Memento vom 11. Januar 2023 im Internet Archive), S. 194–196.