مفوضية الاتحاد الإفريقي تعتبر الأمانة العامة في الاتحاد الإفريقي، و على غرار المفوضية الأوروبية، تمثل هذه المفوضية الجهاز التنفيذي للاتحاد.
أعضاء المفوضية الجملي هو 10 أشخاص حيث يوجد رئيس ونائب رئيس وثمانية مفوضين. دور المفوضية الرئيس هو تمثيل الاتحاد الإفريقي والدفاع عن مصالحه تحت رعاية المؤتمر (جمعية رؤساء الدول والحكومات) و المجلس التنفيذي.
و تتمثل مهمة اللجنة في أن تكون محركا للتكامل الإفريقي ومواكبة عملية التنمية في القارة بالتعاون مع الدول الأعضاء في الاتحاد، ومع المجموعات الاقتصادية الإقليمية والمواطنين الأفارقة.
المبادئ التوجيهية لعمل المفوضية هي التبعية والتكامل لجميع الهيئات والمنظمات و المجموعات الإقلمية والدول الأعضاء في الاتحاد الإفريقي، إضافة إلى التنسيق والتعاون مع الجميع للوصول إلى الأهداف المرجوة وتحقيق سياسات الاتحاد.