بدأت التصفيات المؤهلة في 11 أغسطس 1996 وانتهت 27 يوليو 1997. تم حظر نيجيريا من دخول تصفيات كأس الأمم الإفريقية 1998 بسبب الانسحاب من كأس 1996 بعد أن تأهلت بالفعل للنهائيات، في حين تم حظر النيجروغامبياوغينيا بيساووليسوتوومدغشقر للانسحاب أثناء التأهل لكأس 1996.
في مرحلة خروج المغلوب، إذا كانت المباراة متساوية في نهاية 90 دقيقة من وقت اللعب العادي، سيتم لعب وقت إضافي (فترتان من 15 دقيقة لكل منهما). إذا كانت لا تزال متعادلة بعد الوقت الإضافي، تقرر المباراة من خلال ركلات الترجيح لتحديد الفائز.
وفقا للاتفاقية الإحصائية في كرة القدم، يتم اعتبار المباريات التي تقرر في الوقت الإضافي بمثابة انتصارات وخسائر، في حين يتم اعتبار المباريات التي تقررها ركلات الترجيح كتعادلات.
لم تقام تصفيات مؤهلة في عامي 1957 و 1959 حيث شاركت الفرق عن طريق الدعوة، في 1959 و 1976 لم تُقم مباراة نهائي؛ المقالة عن المباراة الحاسمة لتحديد بطل المجموعة.