بدأت فعلا فكرة الجامعة بمبادرة من وزارة الاتصالات وتكنولوجيا المعلومات بهدف إنشاء جامعة بحثية مصرية متخصصة تساهم في وضع مصر على الخريطة العالمية للبحث العلمي ولإنتاج التكنولوجيا المتطورة التي تمكن قطاع الاتصالات والمعلومات المصري من المنافسة العالمية.
كانت التصور الأساسي للجامعة أن تكون غير هادفة للربح وأن تدار بطريقة مستقلة كي تكون بعيدة عن البيروقراطية التي كانت تعم منظومة الجامعات الحكومية وأن تعمل الجامعة على جذب العقول المصرية المهاجرة للتعاون معها وأن تعمل على جمع التمويل اللازم لها من خلال الشراكة مع مؤسسات المجتمع المدني والشركات العاملة في قطاع الاتصالات وتكنولوجيا المعلومات.
تولى تأسيس الجامعة جمعية أهلية خاضعة لأحكام قانون الجمعيات والمؤسسات الأهلية تحت مسمى المؤسسة المصرية لتطوير التعليم التكنولوجي وقد أشهرت تحت رقم 1777 بتاريخ 25/3/2003 وتضم 55 عضواً من الشخصيات العامة منهم أساتذة جامعات وأطباء وعلماء ورؤساء مؤسسات مرموقة. وكان أول أغراض الجمعية حسب نظامها هو «إنشاء الجامعة التكنولوجية المصرية جامعة أهلية لا تهدف للربح» وتصنف المؤسسة المذكورة على أنها جمعية ذات صفة عامة وهذا يعني بوضوح لا لبس فيه وينفي عنها تماماً حالياً أو مستقبلاً هدف تحقيق أية أرباح تعود على أعضائها.
تم تأسيس جامعة النيل عام 2006 كجامعة خاصة لا تهدف إلى الربح وذلك طبقاً لأحكام القانون رقم 101 لسنة 1992 بشأن إنشاء الجامعات الخاصة وقد صدر القرار الجمهوري الخاص بالجامعة بنص قاطع أنها لا تهدف للربح (و ذلك مقارنة بالجامعات الخاصة الأخرى في حينه والتي تنص قرارتها على أنها لا تهدف أساسا للربح - أي تتمكن تلك الجامعات الأخرى من توزيع أرباح بعد استيفاء متطلبات العملية التعليمية).
قامت الحكومة المصرية بعد إنشاء الجامعة بإصدار قانون ينظم الفرق بين الجامعات الخاصة التي لا تهدف أساسا للربح والجامعات الأهلية التي لا تهدف إطلاقا للربح كجامعة النيل وصدر هذا القانون في 2009 وصدرت لائحته التنفيذية في أكتوبر 2010 وتقدمت ثلاث جامعات بطلبات لتوفيق أوضاعها حسب هذا القانون في 2010 وهي جامعة النيل والجامعة الفرنسية والجامعة الإلكترونية.
أزمة جامعة النيل
مقر الجامعة الذي كان يتنازع عليه مع مدينة زويل.
ظهرت أزمة جامعة النيل بنزاعها مع مشروع مدينة زويل العلمية علي الأرض والمباني والمعامل التي كانت مخصصه من قبل الحكومة لجامعة النيل وتم إصدار قرار بنقل تلك الأصول إلى صندوق تطوير التعليم التابع لرئاسة الوزراء لصالح مشروع مدينة زويل.
بدء النزاع بعد أيام قليلة من تنحي مبارك في ظل حكومة أحمد شفيق صباح يوم الخميس 17 فبراير 2011 إتخذ شفيق قرارا مفاجئاً بنقل كل أصول جامعة النيل إلى صندوق تطوير التعليم التابع لرئاسة الوزراء وأعلن عن إحياء مشروع مدينة زويل العلمية،
وكان هذا بعد أن بدأت الجامعة في استخدام المبانى في مقرها الدائم بالشيخ زايد تدريجيا في بداية 2010 وانتقل طلاب الدراسات العليا ومراكز الأبحاث وانتظموا في مقرهم الجديد. واكتمل انتقال الجامعة بكامل هيئتها وتركت المقر المؤقت بالقرية الذكية في يناير 2011.
بدأت الجامعة في استخدام المبانى في مقرها الدائم بالشيخ زايد تدريجيا في بداية 2010 وانتقل طلاب الدراسات العليا ومراكز الأبحاث وانتظموا في مقرهم الجديد. واكتمل انتقال الجامعة بكامل هيئتها وتركت المقر المؤقت بالقرية الذكية في يناير 2011.[محل شك]
قرر الفريق أحمد شفيق صباح يوم الخميس 17/2/2011 - نقل كل أصول جامعة النيل إلى صندوق تطوير التعليم التابع لرئاسة الوزراء وأعلن عن إحياء مشروع زويل.[3]
حددت محكمة القضاء الإدارى جلستين للنظر في القضايا المرفوعة يومى 21 و 24 أكتوبر وتحدد يوم 11/11/2012 للنطق بالحكم. طلب محامى مدينة زويل الانضمام للقضية كخصم لطلاب وأساتذة جامعة النيل علما بأن القضية كانت مرفوعة منهم ضد الحكومة.
حكمت المحكمة في 18/11/2012 بوقف تنفيذ قرارات شفيق وشرف فيما يخص الأرض والمبنى المقام عليها والذي ستشغله جامعة النيل مع ما يترتب على ذلك من آثار
في جلسة 1/1/2013 قدمت الحكومة (رئيس الجمهورية ورئيس الوزراء ووزير التعليم العالى ووزير الاتصالات) طعنا جديدا على الحكم الصادر لصالح جامعة النيل والمحكمة الإدارية العليا تحيل الطعون المقدمة للمفوضين وتحدد جسلة يوم 15/1/2013.
تقرير مفوضي الدولة يدعم حكم المحكمة لصالح جامعة النيل [4]
في جلسة 23/1/2013 تم التأجيل للاطلاع إلى جسلة 20/2/2013 والتي قررت فيها المحكمة جلسة النطق بالحكم يوم 24/4/2013 .
في جلسة 24/4/2013 حكمت المحكمة الإدارية العليا برفض طعون زويل والحكومة وبوقف جميع قرارات شفيق وشرف وبإلزام رئيس الجمهورية بتحويل جامعة النيل إلى جامعة أهلية.أي أن تعود لجامعة النيل كل حقوقها المتمثلة في كل الأرض والمبانى والتجهيزات وتحويلها إلى جامعة أهلية.[5][6][7]
ميّز عن جامعة النيل (السودان).
