Yonatan pertama kali disebut di Alkitab dalam pasal 13 Kitab 1 Samuel, di mana ia memimpin 1000 orang tentara di Gibea, Benyamin, sementara Saul, ayahnya, memimpin 2000 orang tentara di Mikhmas, di pegunungan Betel.[2] Yonatan memukul kalah pasukan pendudukan orang Filistin yang ada di Geba.[3] Dalam pertempuran berikutnya, Yonatan dengan ditemani hanya oleh bujang pembawa senjatanya, maju ke perkemahan orang Filistin dan membunuh 20 orang dalam jarak kira-kira setengah alur dari sepembajakan ladang (kira-kira seperempat hektare),[4] membuktikan "ketangkasan dan keberanian sebagai perwira."[5] Namun, sesudahnya ia memakan madu tanpa mengetahui bahwa ayahnya telah mengatakan "Terkutuklah orang yang memakan sesuatu sebelum matahari terbenam dan sebelum aku membalas dendam terhadap musuhku."[6] Saul berniat menghukum mati Yonatan atas perbuatan ini, tetapi tidak jadi karena protes keras dari para prajuritnya yang mengagumi kemenangannya dan mengakui bahwa "dengan pertolongan Allah juga dilakukannya hal itu pada hari ini." Demikianlah rakyat membebaskan Yonatan, sehingga ia tidak harus mati.[7]
Ketika Daud habis berbicara dengan Saul, berpadulah jiwa Yonatan dengan jiwa Daud; dan Yonatan mengasihi dia seperti jiwanya sendiri.[8] Yonatan mengikat perjanjian dengan Daud, karena ia mengasihi dia seperti dirinya sendiri. Yonatan menanggalkan jubah yang dipakainya, dan memberikannya kepada Daud, juga baju perangnya, sampai pedangnya, panahnya dan ikat pinggangnya.[9]
Ketika Saul, yang iri hati akan ketenaran Daud serta curiga bahwa Daud dipilih Tuhan menggantikan Saul, berniat membunuh Daud, Yonatan membantu Daud melarikan diri, bahkan meminta Daud untuk tidak memutuskan kasih setia terhadap keturunannya sampai selamanya,[10] menunjukkan bahwa Yonatan mengakui Daud sebagai calon raja.[11]
Saul curiga bahwa Yonatan bersekongkol dengan Daud dan memanggilnya "Anak sundal yang kurang ajar! Bukankah aku tahu, bahwa engkau telah memilih pihak anak Isai dan itu noda bagi kau sendiri dan bagi perut ibumu?"[12]
Yonatan mati tragis di pegunungan Gilboa dibunuh oleh orang Filistin bersama-sama dengan Saul, ayahnya, dan dua saudaranya, Abinadab dan Malkisua.[13] Putra Yonatan, Mefiboset, kemudian diundang Daud untuk tinggal di Yerusalem dan makan sehidangan dengannya sebagai salah seorang anak raja, sampai seterusnya, sebagai tanda kasih Daud atas Yonatan, sahabatnya itu.[14]
T. H. Jones menganggap Yonatan sebagai "teladan kesetiaan akan kebenaran dan persahabatan".[5]
