Van Aelst lahir di Delft dari keluarga hakim kota terkemuka. Dia belajar melukis dari pamannya, pelukis yang masih hidup Evert van Aelst. Pada 9 November 1643 ia mendaftar sebagai master Guild of Saint Luke di Delft.
Antara 1645 dan 1649 ia tinggal di Prancis. Pada tahun 1649 Van Aelst melakukan perjalanan ke Florence, di mana ia menjabat sebagai pelukis istana ke Ferdinando II de' Medici, adipati agung Tuscany. Di sini dia dikenal sebagai Guillielmo d'Olanda. Pada saat ini, adipati agung juga mempekerjakan dua orang Belanda Matthias Withoos dan Otto Marseus van Schrieck, yang terakhir juga seorang pelukis benda mati yang mungkin mempengaruhi gaya Van Aelst. Ferdinando II secara terbuka mempersembahkan sebuah rantai emas dan medali kepada Van Aelst, sebagai kesaksian atas persetujuannya dan pengakuan atas bakatnya.[2]
Diperkirakan bahwa Van Aelst mengunjungi Roma di mana ia menjadi anggota Bentvueghels, sebuah asosiasi seniman Belanda dan Flemish yang aktif di Roma. Dugaan ini didasarkan, tidak terlalu meyakinkan, pada praktiknya selama tahun 1657/58 untuk menandatangani karya-karyanya dengan namanya diikuti oleh: 'alias (dan figur tongkat yang digambar)'. Beberapa menafsirkan ini sebagai referensi ke nama Bent (nama panggilan yang akan diadopsi oleh anggota Bentvueghels) – De Vogelverschrikker (Bahasa Belanda untuk 'orang-orangan sawah')- tetapi tidak ada dokumen yang mengkonfirmasi hal ini.[3]
Pada tahun 1656 ia kembali ke Belanda untuk menetap secara permanen di Amsterdam. Ia menjadi salah satu pelukis benda mati paling terkemuka di generasinya, yang memungkinkannya untuk tinggal di Prinsengracht. Dia pasti meninggal di Amsterdam pada 1683 atau tidak lama kemudian, karena karya terbarunya berasal dari tahun itu. Van Aelst mengajar Rachel Ruysch, Isaac Denies, Maria van Oosterwijck, dan Ernst Stuven.[1][4]
