Stasiun kereta api Batu Caves yang asli dibangun pada tahun yang tidak diketahui. Stasiun ini sering digunakan terutama pada perayaan Thaipusam. Namun, stasiun tersebut berada dalam kondisi yang tidak terawat, desa di sekitarnya sunyi dan ditinggalkan. Setelah jalur listrik ganda antara Kuala Lumpur dan Sentul (bagian dari Rencana Keenam Malaysia) selesai, rute antara Sentul dan Batu Caves masih tidak berubah.
Pada tahun 1990-an, proposal dibuat untuk menjalankan proyek jalur listrik ganda antara Sentul dan Batu Caves, dan stasiun baru, termasuk rekonstruksi stasiun ini, KC03Stasiun Komuter Kampung Batu dan Stasiun Komuter Sentul serta membangun stasiun baru yaitu KC04Stasiun Komuter Taman Wahyu dan KC02Stasiun Komuter Batu Kentonmen. Proyek ini diperkirakan mulai sebelum tahun 2001, dengan DRB-Hicom sebagai kontraktor utama, setelah surat persetujuan dikeluarkan oleh Departemen Perhubungan kepada perusahaan tersebut pada tanggal 13 April2001.[1] Namun, tidak ada surat persetujuan yang diterbitkan sampai tahun 2006 ketika lokasi tersebut diberikan kepada YTL Corporation pada 17 November2006.[2] Proyek ini selesai dan layanan KTM Komuter dimulai pada 29 Juli 2010,[2] dan stasiun baru sudah dibuka pada Agustus 2010.