Pada bulan Januari2000, Huntington meletakkan jabatannya sebagai direktur pada Olin Institute. Selama tahun 1999-2000, ia berkerja untuk meneliti berbagai perubahan yang menonjol menyangkut persoalan identitas nasional Amerika dan implikasi-implikasi dari berbagai perubahan ini terhadap peran Amerika di dunia internasional. Setelah itu, ia mengajar matakuliah dalam bidang kajian, dan mata kuliah lainnya dalam bidang perbandingan politik dan politik global pasca Perang Dingin.
Menulis buku The Clash of Civilizations and the Remaking of World Order (terjemahan Bahasa Indonesia: Benturan Antarperadaban dan Masa Depan Politik Dunia) yang ditulisnya tahun 1998. Isinya memperkirakan terjadinya perbenturan antarbudaya, seperti yang kemudian terjadi setelah peristiwa 11 September (pengeboman menara WTC di New York). Berbekal kerangka buku ini banyak orang melihat perang menumpas terorisme sebagai perbenturan kebudayaan Barat dan Timur, sesuai kerangka pikir yang dituliskan Huntington. Buku ini merupakan karya monumentalnya yang menjadi kontroversi dan memicu polemik di berbagai belahan dunia selama lebih dari tiga tahun.
Bukunya Political Order in Changing Societies yang ditulis tahun 1968, kerap dilihat sebagai cetak biru model demokratisasi yang mementingkan stabilitas. Pemikiran ini antara lain kuat memengaruhi model pembangunan politik di Indonesia dalam era Orde Baru. Bagian lain dari tesis dalam buku itu bahwa bersama perubahan masyarakat tingkat partisipasi harus juga meningkat, yang perlu diperhatikan pula oleh para penyusun strategi politik di lapangan.
Bukunya yang kemudian berjudul Culture Matters: How Values Shape Human Progress, yang disuntingnya bersama Lawrence Harrison, dan telah terbit pada bulan Mei 2000.
Buku terakhirnya adalah Who Are We? The Challenges to America's National Identity terbit Mei2004. Dalam buku ini terutama Huntington menyoroti identitas Amerika sebagai bangsa pemukim bukan imigran, hal ini berbeda dengan kebanyakan ahli yang melihat Amerika sebagai budaya imigran yang dicangkokkan dari tanah leluhurnya. Para pemukim dalam interaksinya harus membentuk identitas sendiri.
Selama tahun-tahun selanjutnya, Huntington tetap memfokuskan dirinya pada persoalan-persoalan identitas nasional, terutama identitas nasional Amerika.
Benturan Antarperadaban dan Masa Depan Politik Dunia (The Clash of Civilizations and the Remaking of World Order), Huntington, Samuel P., Penerjemah: M. Sadat Ismail, Cet. 8, Penerbit Qalam, Yogyakarta, Juli 2004.
.jpg)
