SYBR Hijau I

SYBR Hijau I
Nama
Nama IUPAC
N',N'-dimethyl-N-[4-[(E)-(3-methyl-1,3-benzothiazol-2-ylidene)methyl]-1-phenylquinolin-1-ium-2-yl]-N-propylpropane-1,3-diamine
Penanda
3DMet {{{3DMet}}}
Nomor EC
Nomor RTECS {{{value}}}
Sifat
C32H37N4S+
Massa molar 509.73 g·mol−1
Kelarutan Soluble in Dimethylsulfoxide
Kecuali dinyatakan lain, data di atas berlaku pada suhu dan tekanan standar (25 °C [77 °F], 100 kPa).
Referensi

SYBR® Green merupakan suatu senyawa berfluorescent yang biasa digunakan untuk mewarnai DNA karena kemampuannya sebagai interkalat yaitu menyisip di antara basa-basa nitrogen pada DNA.[butuh rujukan] senyawa ini hanya dapat berfluorescent secara maksimal jika berikatan dengan DNA utas ganda.[1]

Pada larutan normal (tanpa DNA) senyawa ini akan berfluorescent dalam jumlah sedikit.[butuh rujukan] akan tetapi jika sejumlah DNA ditambahkan dalam larutan, maka SYBR® Green akan langsung berikatan dengan DNA utas ganda dan langsung meningkatkan kemampuan fluorescentnya hingga 1000 kali.[butuh rujukan] jadi semakin besar konsentrasi DNA dalam larutan, semakin terang pendaran yang dihasilkan.[2]

Kelebihan

Stabil

SYBR® Green bersifat stabil yaitu tidak mudah berubah konformasinya pada berbegai suhu.[butuh rujukan] Hal tersebut sangat menguntungkan karena beberapa reaksi misalnya reaksi PCR dilakukan dalam suhu yang bervariasi.[3]

Ikatan yang dibentuk

Ikatan yang dibentuk antara molekul SYBR Green dengan DNA bukan merupakan ikatan kovalen.[butuh rujukan] Hal tersebut mengakibatkan zat warna ini tidak akan mengganggu kerja enzim nuklease dan polimerase.[4]

Aplikasi

Real-Time PCR

SYBR® Green biasa digunakan dalam real-time PCR karena sifatnya yg stabil dalam berbagai suhu dan karena sifat fluorescentnya yang hanya muncul jika berikatan dengan DNA utas tunggal.[5]

Visualisasi DNA

SYBR® Green dapat digunakan untuk mewarnai DNA dalam gel akrilamid pada proses elekroforesis.[butuh rujukan]

Referensi

  1. ^ Osborn AM,Smith CJ.(2005).Molecular Microbial Ecology,hlm 156.Tylor & Francis:New York.
  2. ^ Cheng L,Zang DY.(2008).Molecular Genetic Pathology,hlm 87.Humana Press:New York.
  3. ^ Woodford N,Johnson AP.(2004).Genomics,Proteomics,and Clinical Bacteriology:Methods and Review,hlm 196.Humana Press,Inc:New Jersey.
  4. ^ Overturf K.(2009).Molecular Research in Aquaculture,hlm 47.Blackwell Publishing:Iowa.
  5. ^ Dale J, Schantz MV.(2007).From Genes to Genomes:Concepts and Applications of DNA technology,hlm 151.John Wiley & Sons Ltd:England.