Ketinggian dari permukaan air laut pada wilayah Kecamatan Permata Kecubung berkisar antara 10–55 meter.[1] Kemiringan daratan di Kecamatan Permata Kecubung berkisar antara 8–15%. Hal ini menunjukkan bahwa Kecamatan Permata Kecubung merupakan kawasan dataran rendah. Sebagian wilayah Kecamatan Permata Kecubung berada di sekitar sungai.
Perbatasan wilayah
Wilayah Kecamatan Permata Kecubung di sebelah utara berbatasan dengan Kecamatan Lamandau, Kabupaten lamandau. Lalu di sebelah barat, wilayah Kecamatan Permata Kecubung berbatasan dengan Kecamatan Manis Mata, Kabupaten Ketapang. Di sebelah selatan, Kecamatan Permata Kecubung berbatasan dengan Kecamatan Balai Riam. Kecamatan Permata Kecubung di sebelah timur juga berbagi perbatasan dengan Kecamatan Bulik dalam wilayah Kabupaten Lamandau dan kecamatan Kotawaringin Lama dalam wilayah Kabupaten Kotawaringin Barat.[2]